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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟的原理问题
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liuyusuc

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1楼 2011-08-09 17:14:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

liuyusuc(金币+2): 2011-08-10 12:29:08
引用回帖:
1楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-09 17:14:51:
请教各位高手，在进行分子动力学模拟的时候，需要计算的对于三维的体系而言，仅需要计算一半也就是说仅仅需要计算的就是13个，那么另外的一半没有计算的部分，在最终的结果中考虑进去了，还是忽略了呢？又是如何考 ...

首先把你自己的问题说清楚了。“仅需要计算一半也就是说仅仅需要计算的就是13个“，13个什么呢？
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2楼2011-08-10 00:02:17
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liuyusuc

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3楼2011-08-10 12:31:15
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-10 20:58:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-10 12:31:15:
不好意思，没有说明白，我的意思是说在进行采用元胞列表的时候或者是在采用Verlet的时候，为什么仅仅需要计算一半呢，另一半又是怎么将其考虑进来的呢？

对于两体相互作用势能，作用力满足牛顿第三定律。

比如对i和j粒子，由相互作用势能$u_{ij}$计算得到的力为$f_{ij}$，那么
\[
f_i += f_{ij}
f_j -= f_{ij}
\]
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4楼2011-08-10 15:11:10
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tsiangsun

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-11 20:30:01
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-11 20:30:05
看到回复才知道你说的一半是啥，就是 ij 和 ji 重复计算了一次呗 （除以二）；
或者就干脆计算 sum_{i
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5楼2011-08-10 21:59:01
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liuyusuc

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6楼2011-08-13 17:44:28
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