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wrs213

金虫 (初入文坛)

[求助] dmol优化构型时遇到的报错,希望高人解答。

Input/Output Error 177: No such file or directory

   In Procedure: matget3
        At Line: 97

      Statement: OPEN
           Unit: 64
           File: /local/wangl/d27984/1.tpsmx


Input/Output Error 177: No such file or directory

   In Procedure: matget3
        At Line: 97

      Statement: OPEN
           Unit: 64
           File: /local/wangl/d27982/1.tpsmx


Input/Output Error 177: No such file or directory

   In Procedure: matget3
        At Line: 97

      Statement: OPEN
           Unit: 64
           File: /local/wangl/d27983/1.tpsmx

End of diagnostics


End of diagnostics


End of diagnostics

MPI Application rank 1 exited before MPI_Finalize() with status 1


** Address Error **
** Address Error **


End of diagnostics

End of diagnostics
.tpsmx文件不是自动生成的吗?为啥会报错是没有此文件。如果能告诉我计算中各个临时文件多的作用更是感激不尽。
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主


youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-08-17 15:20:25
No such file or directory
是不是说明没有某个输入文件?
2楼2011-08-09 21:26:43
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江山如画

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-08-10 13:02:59
wrs213(金币+1): 有点道理,我再看看问问服务器管理员是不是这个问题导致的。 2011-08-10 13:26:09
如有有nfs系统,检查运行节点上的nfs是否挂上了
3楼2011-08-10 12:44:49
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wrs213

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-09 21:26:43:
No such file or directory
是不是说明没有某个输入文件?

dmol的输入都有,但是报错中提到的文件是临时文件,是运行时自动生成的,运行成功结束后会自动删除。我不知道这个临时文件为什么会莫名其妙的不存在了。
4楼2011-08-10 13:06:29
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢提示 2011-08-10 14:25:10
wrs213(金币+1): 应该不是权限的问题 2011-08-10 18:46:00
可能没有权限写入这个文件?问问管理员是不是给你的账号设置在某个目录下写临时文件的权限了。
5楼2011-08-10 13:08:38
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江山如画

新虫 (初入文坛)


youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-08-17 15:20:42
把log文件贴出来看看
6楼2011-08-10 13:12:40
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wrs213

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 江山如画 at 2011-08-10 13:12:40:
把log文件贴出来看看

ender: LSF System
Subject: Job 561291: <1> Done

Job <1> was submitted from host by user .
Job was executed on host(s) <4*node30>, in queue , as user .
was used as the home directory.
was used as the working directory.
Started at Tue Aug  9 04:43:37 2011
Results reported at Tue Aug  9 16:29:35 2011

Your job looked like:

------------------------------------------------------------
# LSBATCH: User input
./test-4.sh
------------------------------------------------------------

Successfully completed.

Resource usage summary:

    CPU time   : 168606.77 sec.

The output (if any) follows:
这是贴出来的log文件报错信息
Working directory is /home/chem/wangl/methanol/fourlayers/oh/ts2/ch2oh-ch2o/ch2oh-oh-1
Time is Tue Aug 9 04:43:40 CST 2011
This job has allocated 4 nodes
Warning: Licensing environment mpi script not found using default values.
HP-MPI licensed for Accelrys.


Process  #    0  of    4  is working

Process  #    2  of    4  is working

Process  #    1  of    4  is working
Process  #    3  of    4  is working
Checked out license feature: MS_dmol [for 9999:9999:99ARAD0X__(.)__SUCKERS!] (4 copies)

Checked out license feature: MS_dsolid [for 9999:9999:99ARAD0X__(.)__SUCKERS!] (4 copies)
7楼2011-08-10 13:20:49
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wrs213

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-10 13:08:38:
可能没有权限写入这个文件?问问管理员是不是给你的账号设置在某个目录下写临时文件的权限了。

交到服务器上运算的作业有的是可以成功运行的,有的是这样退出的,要是没有权限应该是所有交上的作业都会运行退出吧,应该不是权限的问题。
8楼2011-08-10 13:22:20
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wrs213

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 江山如画 at 2011-08-10 12:44:49:
如有有nfs系统,检查运行节点上的nfs是否挂上了

作业调度系统是LSF,有可能是管理员重启节点之类的把我的作业搞掉了吧,但是我想问问,当重启节点的话我正在计算的作业会自动退出,那么那些生成的临时文件是继续存在呢还是自动就删除了呢。我的脚本中,设置的是临时文件在运行结束后自动删除。
9楼2011-08-10 13:25:20
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江山如画

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-17 15:20:58
wrs213(金币+1): 2011-09-05 15:54:52
引用回帖:
9楼: Originally posted by wrs213 at 2011-08-10 13:25:20:
作业调度系统是LSF,有可能是管理员重启节点之类的把我的作业搞掉了吧,但是我想问问,当重启节点的话我正在计算的作业会自动退出,那么那些生成的临时文件是继续存在呢还是自动就删除了呢。我的脚本中,设置的是 ...

脚本没执行完,自然临时文件就在罗。但是正常说来两次运行的临时文件名肯定不一样。我看你这个情况应该是文件系统的问题
10楼2011-08-17 10:50:36
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