| 查看: 3232 | 回复: 19 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
lasteye金虫 (小有名气)
|
[求助]
请教：结构生物学的研究手段NMR和单晶衍射方法哪个更可靠？
|
||
|
本人是做药化的，在阅读文献的过程中发现，抗癌药物epothilone A核磁共振和单晶衍射得到的微管蛋白结合构象不一致，文献见附件。就目前epothilone的构效关系研究数据来看，NMR模型更可靠一些。 我想请教一下做结构生物学的专家，这两种实验手段得到的同一个小分子的结合构象为何会出现这样大的差别？难道现在广泛采用的NMR和单晶衍射解析手段得到的结构不见得完全可靠？谢谢！ NMR： Teresa Carlomagno, et al. The High-Resolution Solution Structure of Epothilone ABound to Tubulin: An Understanding of the Structure–Activity Relationships for a Powerful Class of Antitumor Agents. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2511-2515. 单晶衍射： James H. Nettles, et al. The Binding Mode of Epothilone A on α,ß-Tubulin by Electron Crystallography. Science, 2004, 305, 866-869.[ Last edited by lasteye on 2011-8-3 at 12:57 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
40+中年人失业后，还能找到好工作吗？
已经有15人回复
-
二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores
已经有5人回复
-
申请科研项目纯靠实力能成功吗？
已经有12人回复
-
用NBS溴化时溶剂除了CCl4外还有什么
已经有6人回复
-
极限拉扯，如何抉择
已经有15人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有13人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有7人回复
-
招收博士生一名
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
brightfuture01
木虫之王 (文坛精英)
我爱打老虎
- BioEPI: 8
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 1.2
- 金币: 113392
- 散金: 1526
- 红花: 224
- 沙发: 1
- 帖子: 28967
- 在线: 3730.3小时
- 虫号: 464575
- 注册: 2007-11-21
- 性别: GG
- 专业: 神经生物学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
adslye(金币+8): 多谢交流指教~祝顺利！ 2011-08-05 19:16:43
adslye(金币+8): 多谢交流指教~祝顺利！ 2011-08-05 19:16:43
|
所以，我的问题是：大分子的蛋白晶体构像会随着buffer不同而改变吗？（这类实验应该有专门的buffer吧，加入特殊物质，除去干扰）如果是的话这一类的研究不是很头疼这个问题。辛苦结晶出来的只是一种存在形式。 这个问题的答案是YES，蛋白纯化过程中使用的buffer组成或者pH不同，最后对其晶体结构可能会有影响的（但不是全部），我们实验室一个兄弟的晶体在一种buffer情况下是单聚状态，可以长出晶体；另一种buffer情况下分子筛过完二聚体占大部分，最后也可以长出晶体。但是，两种情况下的晶体是不同构象的，前一个长出来一个晶胞里面是一个蛋白分子，而另一个是两个蛋白分子，空间群也不一样。不知道这样说你能否明白。 2.最后，偷偷懒。能大概1，,2句话描述下蛋白结晶的过程吗？嘿嘿~~ 过程说起来很简单：目的蛋白先纯化到95%以上纯度（越纯越好），一般都是10mg/mL的浓度，用坐滴法或者悬滴法初筛结晶条件（有商售Kit），如果有条件中长出了晶体（确定是蛋白晶），然后在用网格法在此条件基础上进行拉网式优化，最后获得衍射较好的晶体。可能有些术语对你来说有点陌生，可以google下，很好理解的。 |
12楼2011-08-04 23:57:16
whb8161
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2606.7
- 散金: 45
- 红花: 2
- 帖子: 174
- 在线: 99.8小时
- 虫号: 664531
- 注册: 2008-11-29
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2011-08-04 10:11:47
lasteye
金虫 (小有名气)
- 应助: 42 (小学生)
- 金币: 1448.8
- 红花: 3
- 帖子: 169
- 在线: 522.8小时
- 虫号: 696007
- 注册: 2009-02-04
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
3楼2011-08-04 11:21:01
brightfuture01
木虫之王 (文坛精英)
我爱打老虎
- BioEPI: 8
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 1.2
- 金币: 113392
- 散金: 1526
- 红花: 224
- 沙发: 1
- 帖子: 28967
- 在线: 3730.3小时
- 虫号: 464575
- 注册: 2007-11-21
- 性别: GG
- 专业: 神经生物学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
adslye(金币+7): 鼓励深入交流！祝顺利！ 2011-08-04 16:46:49
adslye(金币+7): 鼓励深入交流！祝顺利！ 2011-08-04 16:46:49
| 我觉得同一个蛋白用两种不同的方法解析出来不同的构象是非常有可能的，X-ray 晶体衍射依赖于获得可衍射的晶体，而晶体的生长所需要的溶液以及沉淀剂和NRM时蛋白所处的溶液大有区别。蛋白在不同的buffer中构象难免会有变化，所以用这两种方法获得的数据，解析出来难免会有所差异，差异的双方都可能是正确的，并没有谁对谁错。如果要刨根问底的话，蛋白在细胞中是出于一种可溶状态的，你体外结晶获得的结构真的是蛋白在体内的真实结构么？ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
adslye4楼2011-08-04 12:29:52