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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » RACE实验中的 GC-Rich 问题
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Neo2000

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 空谷幽风 at 2011-07-20 22:14:45
GC含量在65%以上就是GC rich了，如果实际的GC含量没有预期的高，那么你采用做GC rich的盒子来做虽然降低了扩增效率但提高了特异性，理论上讲是这样，但如果引物的Tm值很低，那么过高的退化温度会让引物很难结合到模 ...

这个不是绝对的啊，实在没地方了，用这块gc高的区域也能做出来的，尽量选择比较均匀的地方

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11楼2014-04-17 12:31:31
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Neo2000

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by nmhsd at 2012-06-26 15:25:36
可能吧，希望你征求更多人的意见，我没测过RACE产物的序列。XXXXX=GCGGG...

这几个碱基确实是非常关键的，修饰过的，至于怎么修饰，暂时不便告诉你啦，经费充足的话，这个盒子也不贵是吧

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12楼2014-04-17 12:33:27
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fundog

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by guanzhow at 2011-09-27 12:33:23
哪位大侠知道
SMARTer II A Oligonucleotide (12 μM)
5'–AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACXXXXX–3'
(X = undisclosed base in the proprietary SMARTer oligo sequence)
X是哪些碱基， 可以用什么替代 ？
谢谢！

3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰，RNAase-free-HPLC纯化
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13楼2014-04-25 20:42:53
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by fundog at 2014-04-25 20:42:53
3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰，RNAase-free-HPLC纯化...

我测序中得到的SMARTer II A Oligonucleotide
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGA
上面是不同时间做的5‘RACE，XXXXX分别为AGGGG和AGGGA，不太一样，虽然这对5‘RACE没有影响，毕竟后面的序列是5’UTR。既然你说“3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰”，看来我第一次做的AGGGG的确有3个连续的G。不知道本帖其他虫友有类似的测序结果吗？最重要的如果自己合成，该如何填写引物合成单啊是不是就写这个AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG序列，末端的磷酸化修饰如何说名啊？（不能合成就算了）
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liubolin945
让羽毛再飞一会儿
14楼2015-09-12 10:00:48
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liubolin945

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by Huobol at 2015-09-12 10:00:48
我测序中得到的SMARTer II A Oligonucleotide
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGA
上面是不同时间做的5‘RACE，XXXXX分别为AGGGG和AGGGA，不太一样，虽然这对5‘RACE没有影响 ...

您好，请问这个 SMARTer II A Oligonucleotide
序列需要进行修饰吗？
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QQ：277046172
15楼2015-09-25 21:42:49
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