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Neo2000

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 空谷幽风 at 2011-07-20 22:14:45
GC含量在65%以上就是GC rich了,如果实际的GC含量没有预期的高,那么你采用做GC rich的盒子来做虽然降低了扩增效率但提高了特异性,理论上讲是这样,但如果引物的Tm值很低,那么过高的退化温度会让引物很难结合到模 ...

这个不是绝对的啊,实在没地方了,用这块gc高的区域也能做出来的,尽量选择比较均匀的地方

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11楼2014-04-17 12:31:31
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Neo2000

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by nmhsd at 2012-06-26 15:25:36
可能吧,希望你征求更多人的意见,我没测过RACE产物的序列。XXXXX=GCGGG...

这几个碱基确实是非常关键的,修饰过的,至于怎么修饰,暂时不便告诉你啦,经费充足的话,这个盒子也不贵是吧

[ 发自小木虫客户端 ]
12楼2014-04-17 12:33:27
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fundog

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by guanzhow at 2011-09-27 12:33:23
哪位大侠知道
SMARTer II A Oligonucleotide (12 μM)
5'–AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACXXXXX–3'
(X = undisclosed base in the proprietary SMARTer oligo sequence)
X是哪些碱基, 可以用什么替代 ?
谢谢!

3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰,RNAase-free-HPLC纯化
13楼2014-04-25 20:42:53
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by fundog at 2014-04-25 20:42:53
3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰,RNAase-free-HPLC纯化...

我测序中得到的SMARTer II A Oligonucleotide
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGA
上面是不同时间做的5‘RACE,XXXXX分别为AGGGG和AGGGA,不太一样,虽然这对5‘RACE没有影响,毕竟后面的序列是5’UTR。既然你说“3‘端三个碱基g为RNA, 3'末端需要做磷酸化修饰”,看来我第一次做的AGGGG的确有3个连续的G。不知道本帖其他虫友有类似的测序结果吗?最重要的如果自己合成,该如何填写引物合成单啊是不是就写这个AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG序列,末端的磷酸化修饰如何说名啊?(不能合成就算了)

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

让羽毛再飞一会儿
14楼2015-09-12 10:00:48
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liubolin945

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by Huobol at 2015-09-12 10:00:48
我测序中得到的SMARTer II A Oligonucleotide
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGG
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT AC AGGGA
上面是不同时间做的5‘RACE,XXXXX分别为AGGGG和AGGGA,不太一样,虽然这对5‘RACE没有影响 ...

您好,请问这个 SMARTer II A Oligonucleotide
序列需要进行修饰吗?
QQ:277046172
15楼2015-09-25 21:42:49
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