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初學Membrane Proteins Tutorial無法產生buildpsf.tcl
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最近兩天學習運用VMD建構出一個KcsA，但是一直無法產生buildpsf.tcl檔案，煩請VMD的專家們幫我解惑。謝謝! |
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3楼2011-08-28 22:29:22
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自己頂上去! 感謝幾位好心人幫忙解惑.知道buildpsf.tcl檔案必須自己產生， 將下列的文字儲存成buildpsf.tcl檔案(存在01-BUILD目錄下) package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B C D } { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S patch GLUP $S:71 regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } segment I { pdb pot.pdb } coordpdb pot.pdb I segment WF { auto none pdb filtwat.pdb } coordpdb filtwat.pdb WF guesscoord writepdb kcsav.pdb writepdb kcsav.psf exit 接著在windows系統下，開啟VMD，把目錄設定在01-BUILD下 再輸入source buildpsf.tcl 即可產生kcsav.pdb及kcsav.psf |
2楼2011-08-28 21:13:28
