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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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fanc232

新虫 (小有名气)

[求助] 论文上两幅图是什么技术做出来的

一片文献里使用到了ChIP reaction技术,就是把蛋白质和DNA复合物裂解成片段以后,用目的蛋白对应的抗体收集复合物片段,把里面的DNA分离纯化出来,PCR扩增,进一步检测等等,目的是确定目的蛋白结合在哪一种基因片段上。中间插入了这个图像,大概意思是展示几种蛋白质结合在DNA的相似区域,可是没有说这是什么做的图。
我是做生物转计算生物的,不懂这是什么技术,什么软件做出来的图。
图片在附件里。请各位达人在允许的范围内大概给我指个搜索方向,我真的非常需要知道这是什么图。先谢谢你们!


[ Last edited by fanc232 on 2011-7-15 at 16:51 ]
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fanc232

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-11 11:36:16
Chip sequence 技术
图看得不是太清楚,按照我的经验:图中横坐标应该是基因的序列位置,纵坐标有峰的位置应该是表示为蛋白的结合位点,峰值的大小表示为统计量,统计Illumina测序的反应个数或者contig条数,具有一 ...

真是抱歉啊大神!当时我是帮别人问的。过了一段时间之后,别人就没在意,我就忘了及时回来处理帖子!将近五年之后给您补上红花一朵!您这个答案又详细,又给出参考文献,我的感谢表达得太迟到了!
我很喜欢计算机辅助药物设计
11楼2016-03-02 21:26:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

Chip sequence 技术
图看得不是太清楚,按照我的经验:图中横坐标应该是基因的序列位置,纵坐标有峰的位置应该是表示为蛋白的结合位点,峰值的大小表示为统计量,统计Illumina测序的反应个数或者contig条数,具有一定的概率意义。
推荐读物:High-Resolution Profiling of Histone Methylations in the Human Genome.  Cell   2007

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真相是最大的奢侈品
4楼2011-10-11 11:36:16
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

原则上讲,对于生物信息学水平一般的人来说,在导出并统计数结果后,用Excel就可以画出来。而多数高手喜欢用R语言!
真相是最大的奢侈品
5楼2011-10-11 11:39:16
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

★ ★
wanhscn(金币+2): 同意! 2011-10-11 23:43:50
仔细在文献里面找找吧,一般在methods里面,或者图片说明里面会提到吧。也有可能是仪器配套的软件。
6楼2011-10-11 17:34:46
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