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jwell金虫 (小有名气)
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[求助]
dalton 求助
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| dalton 2.0安装成功了，也得到了makefile.config 文件。test 的测试文件也能运行。但在输入命令进行计算时dalton却无法进行。并且dalton命令都不能用,>dalton -h 也无法用。求高手指点一下。 |
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wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-10 21:10:07
jwell(金币+50): 谢谢。我的是在电脑上算的应该不用并行吧。如果不并行的话是不是上面就不用设了。还有我在发帖之后找到了方法，现在能计算了，也有结果。我用的是test中的一个输入文件下的.dalhe.mol文件。就是不知道结果对不对。呵呵！ 2011-07-11 09:19:21
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-10 21:10:07
jwell(金币+50): 谢谢。我的是在电脑上算的应该不用并行吧。如果不并行的话是不是上面就不用设了。还有我在发帖之后找到了方法，现在能计算了，也有结果。我用的是test中的一个输入文件下的.dalhe.mol文件。就是不知道结果对不对。呵呵！ 2011-07-11 09:19:21
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你确定编译好了？ 如果编译好了，你把环境变量写好了，不就可以调用dalton了吗，也就可以使用dalton命令。实在不行，你就用绝对路径来通任务就可以。 编译时你用mpi了，通任务之前你还得运行mpd吧。 下面是我写的一个简单粗糙的pbs脚本，仅供参考； #!/bin/bash # #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -j oe #PBS -V # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR # The program we want to execute (modify to suit your setup) #EXEC=/share/apps/dalton-2.0-cam/bin/dalpar.x # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"  if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then /bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf /bin/chmod 600 ~/.mpd.conf fi ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## jobname=rsp_lrso # Intel MPI Home MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.0.0.027 # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" # Number of MPD N_MPD=`cat $PBS_NODEFILE|uniq|wc -l` echo "started mpd Number: $N_MPD" echo "---------------------------" # setup mpi env (em64t) $MPI_HOME/bin64/mpdclean -r ssh -f $PBS_NODEFILE $MPI_HOME/bin64/mpdboot -r ssh -n $N_MPD -f $PBS_NODEFILE # running program /share/apps/dalton-2.0-cam/bin/dalton -N 4 $jobname $jobname # clean $MPI_HOME/bin64/mpdallexit |
2楼2011-07-10 21:06:01