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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川

[求助] 长片段测序

长片段测序的方法有哪些好一点(性价比最好的) 可以提供几个公司么?
片段大概有13000bp左右 没有特殊结构 就是线粒体的一部分
谢谢了
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海纳百川止于至善
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thinka

铜虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
1949stone(金币+4): 谢谢 我就得你说的最在理 2011-07-06 13:27:20
如果同一个模板,往下测有的反应测不出来的话,有可能是他们设的引物不太好,也有可能是DNA结构的关系,像连续的相同碱基,或者富含GC或者AT等,这样的话可能要让他们用GC buffer了,会好些。毕竟他们的反应体系只是优化了的针对普通木板的。
11楼2011-07-06 09:22:26
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查看全部 11 个回答

gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
1949stone(金币+4): 我想知道长片段测序呢 1万多的片段 2011-07-04 16:43:09
dhd997(金币+3): good 2011-07-04 18:03:02
生工和金斯瑞标称都是用的ABI-PRISM3730,号称国际先进:

我的生工测序说明,序列长度5000bp做定点。
测序结果:与NCBI序列完全相同(定点突变除外)。

测序时,由于荧光染料的干扰,测序结果在引物3'端后面的10至30个,严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读,需您根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断。
所用测序仪器为ABI-PRISM3730,测序试剂为BigDyeterminator v3.1。ABI公司对仪器的性能说明为:正常情况下,除了开始约10至30个碱基,在650bp以内可以达到98.5%以上的准确率,但仪器及软件有时也会发生错读或漏读碱基的情况,此时需要您自己判断具体是什么碱基。所以,一般只有进行正反链同时测序,在两个序列完全吻合的情况下,才能确保所得序列100%可靠。单靠一个方向测序得到完全准确的序列是几乎不可能的,这是由仪器本身的性能指标决定的。
正常情况下,一个测序反应可以得到800bp以上,但一般在700bp以后的序列只能作为参考。

也可以考虑华大基因,以前联系过,¥50000测4M的基因组,性价比较高,还附带基因组标注,大片段是他们的强项。
2楼2011-07-04 15:56:07
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beautybanana

木虫 (著名写手)

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2011-07-05 00:46:16
引用回帖:
Originally posted by 1949stone at 2011-07-04 15:18:40:
长片段测序的方法有哪些好一点(性价比最好的) 可以提供几个公司么?
片段大概有13000bp左右 没有特殊结构 就是线粒体的一部分
谢谢了

这个你可以打电话问问一些公司负责测序的业务员,有的业务员可能也不太明白则可以问问技术支持,现在测序也不是件难事,一般的准确度我觉得差别不大,误差应该都在所规定的范围内,就是服务质量问题,价格可能略有差异,我知道的一些公司,一般上海这边的有invitrogen,上海生工,还有大连的TaKaRa公司,价格可以在他们的网站上看看。
3楼2011-07-04 15:56:39
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nickychen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1949stone(金币+2): 长片段测序好像不太一样 2011-07-04 16:46:14
诺赛,英骏,生工,都可以,好点的可以去TAKARA测。要贵很多。
4楼2011-07-04 16:36:08
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