应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教用amber做md时出错，保存拓扑文件和坐标文件时
41/1返回列表
查看: 1116  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] 请教用amber做md时出错，保存拓扑文件和坐标文件时

求助
请教应该怎么修改啊，这样连参数文件和坐标文件都保存不了

[ Last edited by 量化新手 on 2011-6-28 at 21:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
新手上路，请多关照
1楼 2011-06-28 21:56:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 10:51:33
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:41
量化新手(金币+4): 2011-07-14 09:15:13
因为NAG并不是标准残基，你又没给力场参数，所以leap无法识别，就无法保持拓扑和坐标文件。
建议：如果NAG不是必需的分子，可以从pdb文件中删除，
如果NAG是必需的分子，那你要学习一下如何利用antechamber生成力场参数了。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2011-06-29 06:21:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-29 06:21:32:
因为NAG并不是标准残基，你又没给力场参数，所以leap无法识别，就无法保持拓扑和坐标文件。
建议：如果NAG不是必需的分子，可以从pdb文件中删除，
如果NAG是必需的分子，那你要学习一下如何利用antechamber生成 ...

谢谢你啦
回复此楼
新手上路，请多关照
3楼2011-06-29 09:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木头平平

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-06-29 09:03:56
谢谢你啦...

楼主学会了吗？这种情况要怎么处理呢
赞一下 回复此楼
4楼2021-06-18 14:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 量化新手 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭