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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] 请教用amber做md时出错,保存拓扑文件和坐标文件时

求助
请教应该怎么修改啊,这样连参数文件和坐标文件都保存不了

[ Last edited by 量化新手 on 2011-6-28 at 21:58 ]
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新手上路,请多关照
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 10:51:33
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:41
量化新手(金币+4): 2011-07-14 09:15:13
因为NAG并不是标准残基,你又没给力场参数,所以leap无法识别,就无法保持拓扑和坐标文件。
建议:如果NAG不是必需的分子,可以从pdb文件中删除,
如果NAG是必需的分子,那你要学习一下如何利用antechamber生成力场参数了。
2楼2011-06-29 06:21:32
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量化新手

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-29 06:21:32:
因为NAG并不是标准残基,你又没给力场参数,所以leap无法识别,就无法保持拓扑和坐标文件。
建议:如果NAG不是必需的分子,可以从pdb文件中删除,
如果NAG是必需的分子,那你要学习一下如何利用antechamber生成 ...

谢谢你啦
新手上路,请多关照
3楼2011-06-29 09:03:56
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木头平平

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-06-29 09:03:56
谢谢你啦...

楼主学会了吗?这种情况要怎么处理呢
4楼2021-06-18 14:32:48
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