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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教用amber做md时出错，保存拓扑文件和坐标文件时
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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] 请教用amber做md时出错，保存拓扑文件和坐标文件时

求助
请教应该怎么修改啊，这样连参数文件和坐标文件都保存不了

[ Last edited by 量化新手 on 2011-6-28 at 21:58 ]
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1楼 2011-06-28 21:56:47
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 10:51:33
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:41
量化新手(金币+4): 2011-07-14 09:15:13
因为NAG并不是标准残基，你又没给力场参数，所以leap无法识别，就无法保持拓扑和坐标文件。
建议：如果NAG不是必需的分子，可以从pdb文件中删除，
如果NAG是必需的分子，那你要学习一下如何利用antechamber生成力场参数了。
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2楼2011-06-29 06:21:32
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-29 06:21:32:
因为NAG并不是标准残基，你又没给力场参数，所以leap无法识别，就无法保持拓扑和坐标文件。
建议：如果NAG不是必需的分子，可以从pdb文件中删除，
如果NAG是必需的分子，那你要学习一下如何利用antechamber生成 ...

谢谢你啦
回复此楼
新手上路，请多关照
3楼2011-06-29 09:03:56
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木头平平

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-06-29 09:03:56
谢谢你啦...

楼主学会了吗？这种情况要怎么处理呢
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4楼2021-06-18 14:32:48
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