应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 程序代码 » 计算的朋友快来帮忙，IRC扫描错误问题，急急急！
121/2返回列表12下一页
查看: 2142  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

13512385488

新虫 (小有名气)

[求助] 计算的朋友快来帮忙，IRC扫描错误问题，急急急！

我有一个协同反应的过渡态，振动趋势是我想要的，我想用IRC确认一下过渡态是不是正确的，毕竟是固定了键长找的过渡态，结果只有一个虚频哦，然后我今天用IRC扫描，其错误结果如下：

   ******** Start new reaction path calculation ********
Current Structure is TS -> diagonalize the Hessian.
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Point Number:   0          Path Number:   1
Calculating another point on the path.
Point Number  1 in FORWARD path direction.
Using DVV Reaction Path Following.
DVV: v0 =  0.0600000
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Leave Link  123 at Thu Jun 23 18:40:24 2011, MaxMem=  536870912 cpu:      21.9
(Enter /home/public/home/ls/g09/l202.exe)
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /home/public/home/ls/g09/l202.exe at Thu Jun 23 18:40:25 2011.
Job cpu time:  0 days  7 hours 50 minutes 32.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1928 Int=      0 D2E=      0 Chk=     32 Scr=      1
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Bao_S_J 计算化学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-23 21:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

IRC是验证你所找的TS是否是连接反应物跟产物的TS~通过IRC，将现在你所找到的TS向前和向后计算，查看计算后的构型是否和你的反应物与产物构型相一致，一致的话就说明IRC验证成功，即你所找的TS就是连接反应物跟产物的TS，反之，构型不一致则说明该TS不是反应路径上的TS，需要重新寻找~一般，做IRC之前都会查看一下TS的振动模式，如果振动模式是按照反应路径进行的，一般该TS做IRC都能成功~
赞一下(1人) 回复此楼
思想有多远，我们就能走多远~
9楼2012-11-19 10:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xianyuanshan

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-06-30 19:27:08
输入文件有问题吧。应该把irc输入文件贴上来可能更方便大家分析。
赞一下(1人) 回复此楼
越成熟意味着越接近死亡
2楼2011-06-29 22:08:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-06-29 22:08:59:
输入文件有问题吧。应该把irc输入文件贴上来可能更方便大家分析。

%chk=irc-1.chk
%mem=1000MB
%nprocshared=12
#p b3lyp/6-31g(d) irc(GradientOnly,calcfc,maxpoint=10) scf(maxcyc=400)
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-30 15:00:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianyuanshan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-06-30 19:29:36
13512385488(金币+3): 2011-07-18 11:21:18
找到的过渡态的结构好像有问题（不止一个虚频，原子间距过小）
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Small interatomic distances encountered
l202进程是读取坐标判断体系对称性并转化为内坐标的，不认你这个结构。
赞一下(1人) 回复此楼
越成熟意味着越接近死亡
4楼2011-06-30 17:53:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-06-30 17:53:54:
找到的过渡态的结构好像有问题（不止一个虚频，原子间距过小）
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Small interatomic distances encountered
l202进程是读取坐标判断体系对称性并转化为内坐标 ...

那是不是说明我的过渡态有问题呢？但是我找了很久，也找不到了哦
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-18 11:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianyuanshan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-07-21 00:16:50
引用回帖:
Originally posted by 13512385488 at 2011-07-18 11:24:16:
那是不是说明我的过渡态有问题呢？但是我找了很久，也找不到了哦

应该是有问题。提示信息里说不止一个虚频，但你为何说看到只有一个呢？
赞一下(1人) 回复此楼
越成熟意味着越接近死亡
6楼2011-07-19 07:38:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-07-19 07:38:53:
应该是有问题。提示信息里说不止一个虚频，但你为何说看到只有一个呢？

确实只有一个虚频，一开始算出来是两个虚频，后来想办法消掉的一个虚频，所以只剩下一个虚频，但是过渡态是固定找的，不是放开找的，这个我有点担心，怕不对
赞一下 回复此楼
7楼2011-07-22 14:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baige087

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好，请教一下:怎么用IRC 来验证过渡态啊？IRC 的输出文件怎么看？
赞一下 回复此楼
8楼2011-08-28 13:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

IRC做完之后直接用view打开查看即可
赞一下 回复此楼
思想有多远，我们就能走多远~
10楼2012-11-19 10:17:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 13512385488 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +3 大火山小火山 2026-03-16 5/250 2026-03-16 16:54 by barlinike
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 309求调剂 +5 花与叶@ 2026-03-10 5/250 2026-03-16 14:13 by 哦哦123
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭