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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 程序代码 » 计算的朋友快来帮忙，IRC扫描错误问题，急急急！
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13512385488

新虫 (小有名气)

[求助] 计算的朋友快来帮忙，IRC扫描错误问题，急急急！

我有一个协同反应的过渡态，振动趋势是我想要的，我想用IRC确认一下过渡态是不是正确的，毕竟是固定了键长找的过渡态，结果只有一个虚频哦，然后我今天用IRC扫描，其错误结果如下：

   ******** Start new reaction path calculation ********
Current Structure is TS -> diagonalize the Hessian.
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Point Number:   0          Path Number:   1
Calculating another point on the path.
Point Number  1 in FORWARD path direction.
Using DVV Reaction Path Following.
DVV: v0 =  0.0600000
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Leave Link  123 at Thu Jun 23 18:40:24 2011, MaxMem=  536870912 cpu:      21.9
(Enter /home/public/home/ls/g09/l202.exe)
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /home/public/home/ls/g09/l202.exe at Thu Jun 23 18:40:25 2011.
Job cpu time:  0 days  7 hours 50 minutes 32.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1928 Int=      0 D2E=      0 Chk=     32 Scr=      1
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1楼 2011-06-23 21:38:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

IRC是验证你所找的TS是否是连接反应物跟产物的TS~通过IRC，将现在你所找到的TS向前和向后计算，查看计算后的构型是否和你的反应物与产物构型相一致，一致的话就说明IRC验证成功，即你所找的TS就是连接反应物跟产物的TS，反之，构型不一致则说明该TS不是反应路径上的TS，需要重新寻找~一般，做IRC之前都会查看一下TS的振动模式，如果振动模式是按照反应路径进行的，一般该TS做IRC都能成功~
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思想有多远，我们就能走多远~
9楼2012-11-19 10:16:24
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普通回帖

xianyuanshan

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-06-30 19:27:08
输入文件有问题吧。应该把irc输入文件贴上来可能更方便大家分析。
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越成熟意味着越接近死亡
2楼2011-06-29 22:08:59
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13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-06-29 22:08:59:
输入文件有问题吧。应该把irc输入文件贴上来可能更方便大家分析。

%chk=irc-1.chk
%mem=1000MB
%nprocshared=12
#p b3lyp/6-31g(d) irc(GradientOnly,calcfc,maxpoint=10) scf(maxcyc=400)
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3楼2011-06-30 15:00:33
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xianyuanshan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-06-30 19:29:36
13512385488(金币+3): 2011-07-18 11:21:18
找到的过渡态的结构好像有问题（不止一个虚频，原子间距过小）
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Small interatomic distances encountered
l202进程是读取坐标判断体系对称性并转化为内坐标的，不认你这个结构。
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越成熟意味着越接近死亡
4楼2011-06-30 17:53:54
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13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-06-30 17:53:54:
找到的过渡态的结构好像有问题（不止一个虚频，原子间距过小）
WARNING: TS HAS MORE THAN 1 IMAGINARY FREQUENCY!
Small interatomic distances encountered
l202进程是读取坐标判断体系对称性并转化为内坐标 ...

那是不是说明我的过渡态有问题呢？但是我找了很久，也找不到了哦
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5楼2011-07-18 11:24:16
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xianyuanshan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-07-21 00:16:50
引用回帖:
Originally posted by 13512385488 at 2011-07-18 11:24:16:
那是不是说明我的过渡态有问题呢？但是我找了很久，也找不到了哦

应该是有问题。提示信息里说不止一个虚频，但你为何说看到只有一个呢？
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越成熟意味着越接近死亡
6楼2011-07-19 07:38:53
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13512385488

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xianyuanshan at 2011-07-19 07:38:53:
应该是有问题。提示信息里说不止一个虚频，但你为何说看到只有一个呢？

确实只有一个虚频，一开始算出来是两个虚频，后来想办法消掉的一个虚频，所以只剩下一个虚频，但是过渡态是固定找的，不是放开找的，这个我有点担心，怕不对
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7楼2011-07-22 14:32:50
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baige087

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好，请教一下:怎么用IRC 来验证过渡态啊？IRC 的输出文件怎么看？
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8楼2011-08-28 13:41:57
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

IRC做完之后直接用view打开查看即可
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思想有多远，我们就能走多远~
10楼2012-11-19 10:17:11
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