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bear0329

金虫 (正式写手)

[求助] PCR扩增产物电泳,退火温度优化

各位虫友,我做的16SrDNA扩增后的片段进行1%琼脂糖凝胶电泳(见图),扩增时,1~12泳道的退火温度分别是从50~61度,后续要回收目的片段,那么哪个温度的好一点呢?依据是什么?先谢谢各位了!
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以马内利!
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amilie030312

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by bear0329 at 2011-06-23 09:00:44:
谢谢你!我是要回收目的片段做酶切的

我觉得引物特异性不太好,如果后续实验要求完美则重新设计引物,如果不重新设计那再升高些温度提高特异性看看是不是杂带会少些。如果切胶回收怕你这里面有片段比较接近的片段,后续酶切就会有些问题。
13楼2011-06-23 10:31:33
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

bear0329(金币+2): 好的,谢谢啦~要是换了引物是不是要重新选择退火温度啊 2011-06-21 10:56:42
你看哪条带亮就选那个退火温度进行大批量PCR。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2011-06-21 10:49:47
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zboter

银虫 (正式写手)

如果是亮度差不多的话,我建议用退火温度较高的回收,因为这样的条带特异性高
3楼2011-06-21 15:09:39
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bear0329

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zboter at 2011-06-21 15:09:39:
如果是亮度差不多的话,我建议用退火温度较高的回收,因为这样的条带特异性高

恩,谢谢啊,那就选9号产不多吧?
以马内利!
4楼2011-06-21 15:19:03
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