| 查看: 1356 | 回复: 3 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
baiyuefei版主 (文学泰斗)
风雪
|
[求助]
请高手用Platon算下我的这个单晶的C-H pi 作用是否存在？
|
||
|
我的晶体所有数据在下面 https://good.gd/1284907.htm 如题，请高手用Platon算下我的晶体是否存在C-H pi ，即C(28)-H(28A)***pi (benzene ring)是否存在呢，并把结果粘贴在过来看下。 至于怎么算以下是我搜索到的一个例子可供参考： platon自动计算一下，即在platon中点击“cacu all"会出现一个lis文件，在其中就可以找到你要的东西。如果程序认为没有这种作用，那么你可能在lis文件中就找不到下面的东西： ==================================================================================================================================== Analysis of Y-X...Cg(Pi-Ring) Interactions (X..Cg < 4.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== Y--X(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] X..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S X-Perp Gamma Y-X..Cg Y..Cg Y-X,Pi C(19) -Cl(1) [ 1] -> Cg(5) [ 2564.02] 3.626(5) 0.9324 0.3227-0.1629 10.9734 3.614 4.66 93.9(3) 4.118(10) 0.72 C(39) -Cl(2) [ 2] -> Cg(1) [ 4555.01] 3.623(5) 0.3308-0.9275 0.1743 4.7128 3.612 4.63 93.7(4) 4.126(10) 0.91 ------- ---------------------------------------------- Min or Max 3.623 3.612 4.63 93.90 4.118 0.91 [ 2564] = X,1-Y,-1/2+Z [ 4555] = 1/2+X,1/2-Y,1/2+Z The Cg(I) refer to the Ring Centre-of-Gravity numbers given in () in the Ring-Analysis above |
回复此楼» 猜你喜欢
中南大学化学化工学院易小艺教授课题组招收2026级博士研究生（第二轮）
已经有0人回复
-
求助
已经有1人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有152人回复
-
0703化学26考研调剂，一志愿南昌大学
已经有2人回复
-
有没有化学、材料专业的同学需要调剂 考虑天津高效的可以邮件或者私信
已经有1人回复
-
26年博士招生
已经有16人回复
-
江西理工大学功能晶态材料方向刘遂军课题组招收2026年秋季入学博士研究生
已经有10人回复
-
宁夏大学团簇新材料团队招收材料/化学/化工专业博士生
已经有0人回复
-
MIL-101有单晶样品吗
已经有1人回复
-
西北大学26年化学博士招生
已经有3人回复
-
收调剂研究生
已经有2人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Cu在铝合金中的作用
已经有19人回复
- PI染色的问题
已经有4人回复
- 如何用Gaussian算或者显示p-pi共轭作用
已经有12人回复
- 【请教】请问一下platon产生的氢键列表最后一列的对称码是干什么用的呢
已经有4人回复
- 【求助】请高手看看我的粉末衍射数据和单晶数据算不算对应上？
已经有7人回复
- 【交流】Platon 有多少功能
已经有6人回复
- 【求助】Platon算出Pi-Pi堆积作用写入cif的格式
已经有5人回复
- 【求助】用platon中的squeeze程序是否可以处理高度无序的溶剂分子？
已经有4人回复
- 【请教】爱思维尔投稿问，用platon查得氢键，只将其中的对称操作码用xp修改过的，能否
已经有9人回复
ys851216
木虫 (正式写手)
- CMEI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1934.2
- 帖子: 573
- 在线: 174.9小时
- 虫号: 849448
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 配位化学
★
drg1984(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-15 15:51:20
drg1984(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-15 15:51:20
|
你给的例子是计算Y-X...Cg(Pi-Ring)的 Analysis of Y-X...Cg(Pi-Ring) Interactions (X..Cg < 4.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== Y--X(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] X..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S X-Perp Gamma Y-X..Cg Y..Cg Y-X,Pi C(1) -Br(1) [ 1] -> Cg(5) [ 7566.01] 3.880(2) 0.2327-0.1798-0.9558 -13.0597 3.368 29.75 150.40(17) 5.593(5) 73.02 ---------- ---------------------------------------------- Min or Max 3.880 3.368 29.75 150.40 5.593 73.02 [ 7566] = 1/2-X,3/2-Y,1-Z |
3楼2011-06-15 15:09:09
ys851216
木虫 (正式写手)
- CMEI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1934.2
- 帖子: 573
- 在线: 174.9小时
- 虫号: 849448
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 配位化学
【答案】应助回帖
★
drg1984(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-15 15:51:09
baiyuefei(金币+49): 2011-06-15 15:56:51
baiyuefei(金币+51): 非常感谢 2011-06-15 19:01:00
drg1984(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-15 15:51:09
baiyuefei(金币+49): 2011-06-15 15:56:51
baiyuefei(金币+51): 非常感谢 2011-06-15 19:01:00
|
Analysis of X-H...Cg(Pi-Ring) Interactions (H..Cg < 3.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== X--H(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] H..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S H-Perp Gamma X-H..Cg X..Cg X-H,Pi C(14) -H(14) [ 1] -> Cg(3) [ 6545.01] 2.93 -0.9967-0.0403-0.0710 -9.3463 2.76 19.28 174 3.854(7) 77 C(28) -H(28A) [ 1] -> Cg(5) [ 1555.01] 2.79 -0.2327 0.1798 0.9558 2.2010 -2.77 5.99 152 3.673(6) 59 ---------- ---------------------------------------------- Min or Max 2.790 -2.770 5.99 174.00 3.673 77.00 [ 6545] = 1/2-X,-1/2+Y,1/2-Z [ 1555] = X,Y,Z |
2楼2011-06-15 15:07:32
baiyuefei
版主 (文学泰斗)
风雪
- 应助: 4642 (副教授)
- 贵宾: 46.969
- 金币: 658102
- 散金: 11616
- 红花: 995
- 沙发: 81
- 帖子: 69424
- 在线: 13328.1小时
- 虫号: 676696
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
- 管辖: 有机交流
|
请问下高手，我的晶体是否存在C(28)-H(28A)***pi (benzene ring)作用呢？ 非晶体专业不是太明白麻烦高手了，键长一般在多少范围内算是有C-H***pi 作用呢？有具体参考文献吗？我有重奖给您，金币不是问题啊再多加金币给您可以吗？审稿人让我举出C-H***pi 的键长范围是多少，可自己不会啊。审稿人给的信息如下： Characterization of non-covalent interactions. Authors should also provide more arguments on why they think that CH…N bond with almost 3 Å length is a strong one ("There is a strong intramolecular hydrogen bond, C(11)-H(11)…N(3) forming a six-membered ring."  . This interaction is commonly believed to be a weak one.This would be also interesting if authors can do some computational investigation to estimate the energy of this bond in order to classify its strength. To evaluate CH…N and CH… consider using Natural Bonds Orbitals (NBO) [4] and/or Atoms in Molecule (AIM) [5] approaches. Author suggested that C-H… criteria for this type of bond. They might use the results of recent analysis of 1154 proteins from PDB bank [6] work to support their statement about this type of interaction. |
4楼2011-06-15 15:56:10
