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关于RNA以及cDNA电泳问题,拜求各位大侠指点
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虾米我实验的目的是先提取RNA,然后将其反转录成cDNA,以cDNA为模板,进行 PCR以获取目的片段。实验材料为细菌,提取RNA 后进行紫外分光进行检测浓度, 浓度比较高,260与280的OD比值也符合实验要求。但是反转录后进行PCR无条 带,高手指点后对RNA进行电泳,电泳无条带,同时Marker有条带,证明是可能是 RNA问题,个人总结认为是RNA发生降解,但不知道其降解过程发生在电泳过程中 还是保存过程中,提RNA完全按照说明书进行,而且不明白RNA浓度高但电泳无条 带的原理,就是浓度与完整性的关系。另外,如果出现这样的问题,应该如何避 免,虾米还应该如何操作?另附RNA和cDNA电泳图两张,请大侠指教!我的全部身 家就两个金币了……全都给你了……虽然不多…… PS:问题基本如下 1 电泳无条带原因 2 RNA浓度与其完整性关系 3 出现问题,如何解决 |
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11楼2012-12-23 21:30:14
yabxxh
木虫 (正式写手)
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2楼2011-06-09 22:35:28
adslye
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【答案】应助回帖
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silicare(金币+6, EPI+1): 2011-06-10 12:22:39
silicare(金币+6, EPI+1): 2011-06-10 12:22:39
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我也深受这个问题困扰。后来我做了一系列降解实验(故意在一些环节出问题,看RNA提取情况)。 相信我,过程都是平行重复3次。有空我会把整个实验发出来。 这里直接说结果吧: 1.RNA几乎不会在电泳过程中降解,无论是放了很久的胶,还是很久没换水的电泳液。 2.OD比值只能大概参考。因为,260和280不知有RNA会吸收,还有很多其他物质。最后这个比值可能是许多原因综合的结果。 3.就是RNA部分降解也能反转,PCR验证基本也没问题。 另外,你的图没发上。具体情况没发分析。 总之我的建议: 1.RNA提取的要点是选对方法,什么组织用什么方法(网上一堆方法,也有很多kit卖)。方法对了肯定能提出来,最多操作不好有部分降解。 2.操作嘛尽量快。 3.反转录的管子干净,很多降解发生在反转录过程。但我的实验从没出现过。 4.所有实验重复3次。是否3次都提不出来?3次都反转没结果? 有重复性的失败才有讨论价值。 5.最后,RNA提取真的只是个非常小而简单的实验,试剂是最重要的,不是怕污染而是怕过期!我用自来水溶RNA一样条带完整 (我当时也被雷到)。 |
3楼2011-06-09 22:44:21
4楼2011-06-10 22:39:41













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(我当时也被雷到)。