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xulinan木虫 (小有名气)
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配体受体MD
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| 想用Gromacs做一个配体受体的模拟，配体受体的pdb文件都有，然后先建一个受体的盒子，怎么把配体加进去？用什么命令啊？谢谢 |
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3楼2011-06-08 19:25:32
xulinan
木虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+5): 谢谢分享 2011-06-08 19:04:19
ghcacj(金币+5): 谢谢分享 2011-06-08 19:04:19
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经过手册和网上教程的简单学习，现将方法总结如下，供大家参考，也请路过的高手指出问题，以便及时改正。 1、用pdb2gmx分别生成两个已知pdb的top、gro和itp文件（为方便描述，两个蛋白下面分别用a、b表示） 2、修改gro文件。将其中b的gro的坐标复制到a的gro文件中（粘贴到a坐标之后就可以），同时修改原子总数。 3、修改top文件。在a的top文件中加入下列内容 ；Include ligand topology # include “b.itp” 最后在[molecules]结尾加：protein 1（分子的名字和数量） 4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶剂等等） 还有些没明白的就是两个蛋白位置的随机性了，对于我的实验，我选取了前期模拟中的不同时间点pdb，合并后的结构距离大于1nm，似乎刚好能符合我的计算。但是如果两个结构距离小于cotoff似乎就有问题了。除了人为的选择外，不知道是否还有其他方法。有做过的朋友请指正一下！！！ |
2楼2011-06-08 17:46:20
xulinan
木虫 (小有名气)
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4楼2011-06-09 11:49:28