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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 配体受体MD
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xulinan

木虫 (小有名气)

[求助] 配体受体MD

想用Gromacs做一个配体受体的模拟，配体受体的pdb文件都有，然后先建一个受体的盒子，怎么把配体加进去？用什么命令啊？谢谢
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1楼 2011-06-08 15:33:45
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢分享 2011-06-08 19:04:19
经过手册和网上教程的简单学习，现将方法总结如下，供大家参考，也请路过的高手指出问题，以便及时改正。
1、用pdb2gmx分别生成两个已知pdb的top、gro和itp文件（为方便描述，两个蛋白下面分别用a、b表示）
2、修改gro文件。将其中b的gro的坐标复制到a的gro文件中（粘贴到a坐标之后就可以），同时修改原子总数。
3、修改top文件。在a的top文件中加入下列内容
；Include ligand topology
# include “b.itp”
最后在[molecules]结尾加：protein  1（分子的名字和数量）
4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶剂等等）

还有些没明白的就是两个蛋白位置的随机性了，对于我的实验，我选取了前期模拟中的不同时间点pdb，合并后的结构距离大于1nm，似乎刚好能符合我的计算。但是如果两个结构距离小于cotoff似乎就有问题了。除了人为的选择外，不知道是否还有其他方法。有做过的朋友请指正一下！！！
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2楼2011-06-08 17:46:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-08 19:45:19
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-08 21:28:09
xulinan(金币+2): 谢谢你的建议 2011-06-09 11:41:30
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2011-06-08 17:46:20:
经过手册和网上教程的简单学习，现将方法总结如下，供大家参考，也请路过的高手指出问题，以便及时改正。
1、用pdb2gmx分别生成两个已知pdb的top、gro和itp文件（为方便描述，两个蛋白下面分别用a、b表示）
2、 ...

我觉得是否可以先把两个蛋白进行对接，这样的相对位置就是比较可靠的。以对接结果产生的PDB进行MD,估计能节省你很多时间！仅供参考
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3楼2011-06-08 19:25:32
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xulinan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-08 19:25:32:
我觉得是否可以先把两个蛋白进行对接，这样的相对位置就是比较可靠的。以对接结果产生的PDB进行MD,估计能节省你很多时间！仅供参考

哈哈，对接确实是一种配体受体研究的很好方法，不过我做的目的不一样。这个怪我阐述的不清楚。严格的说我做的不是配体和受体，是研究两个蛋白质的相互作用，这个过程是一个由混乱无序到稳定有序的过程，所有才要在前期随机的加结构进去，然后做多次的统计学分析。不过你说的方法在研究配体受体作用时常用到，而且省时、相对更准确。非常感谢你的建议。
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4楼2011-06-09 11:49:28
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