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avhg

木虫 (著名写手)

幻象

[求助] BLAST的一个菜鸟级问题

psi-blast用了3次迭代,其中很多序列“No Hits Found!”
如果想要得到PSSM,是不是要提高迭代次数或者扩大搜索库?我现在用的是nr数据库。。。搜的是一种毒素蛋白。。。
欢迎用过psi-blast的前辈交流哈
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只要坚持,胜利是迟早的事。
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springimu

木虫 (著名写手)

那就证明你的NR库有问题,或者程序问题
你先网上用blast试试
因为陌生,所以勇敢;因为距离,所以美丽
2楼2011-06-08 09:15:26
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象

引用回帖:
Originally posted by springimu at 2011-06-08 09:15:26:
那就证明你的NR库有问题,或者程序问题
你先网上用blast试试

应该不是nr库的问题吧。。。 貌似会有找不到序列的时候吧。。 网上也找不到。。。
只要坚持,胜利是迟早的事。
3楼2011-06-08 14:43:19
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yyn0452

木虫 (正式写手)


设置阈值
4楼2011-06-14 10:45:18
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象

引用回帖:
Originally posted by yyn0452 at 2011-06-14 10:45:18:
设置阈值

嗯啊 设置E值和迭代次数
只要坚持,胜利是迟早的事。
5楼2011-06-14 11:14:53
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