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happy111839

铜虫 (正式写手)

[求助] 哪位能教教我如何优化这个结构，谢谢


这是一个反应的产物，如何优化出两个产物在一起的结构，用的是DFT/B3LYP、6-31g(d）方法，谢谢了
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1楼 2011-05-31 21:06:54
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tty

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

happy111839(金币+3): 2011-06-03 11:22:27
happy111839(金币+3): 2011-06-30 22:24:24
你需要找到的是一个氢提取的过渡态，而不是什么放在一起优化的产物。过渡态找到以后跑一下IRC自然就得到你要的那种两个在一起的产物了。
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8楼2011-06-02 23:36:39
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tty

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

happy111839(金币+5): 2011-06-11 09:48:02
happy111839(金币+3): 2011-06-30 22:24:44
仔细看了一下你这的体系，如果按照实验给出的机理，t-BuOOH是一个酸，如果是在水溶液中反应（其他的溶剂我就不知道了），它应该自发的分解成H+离子和酸根，这一步是不需要过渡态的，只需要算一下解离能，然后可能是H+与含氮杂环部分结合，可以算一下结合能，证明是放热的自发结合。然后这两部分以离子形式存在于溶液中，似乎不需要优化你最开始说的两个离子放一起的产物。只要分得到两个离子的结构就可以了。
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14楼2011-06-10 15:07:48
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