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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » g_gyrate中参数的意义
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20071130055

新虫 (初入文坛)

[求助] g_gyrate中参数的意义

g_gyrate中参数的意义，我们计算中得出的
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Potential                  -36331.7        290    1329.64   -2056.31
其中的RMSD ，  Tot-Drift分别代表什么？
谢谢
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1楼 2011-05-19 13:06:44
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
20071130055(金币+3): 2011-05-21 11:59:30
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-05-21 17:15:34
20071130055(金币+2): 2011-05-28 10:43:29
RMSD-均方根偏差，表示以t1时刻的蛋白质结构为参比所得t2时刻蛋白质结构的相对位置偏移，用于衡量蛋白质的整体结构随时间的变化；固定t=0，即以蛋白质天然结构为参比，因而Rmsd越大，表明此时蛋白质结构与天然结构的偏差越大，即其变性程度越大。另外一个我忘了，你查查手册吧。
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霉菌
4楼2011-05-20 16:55:28
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
20071130055(金币+1): 2011-05-20 16:17:38
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-05-21 17:15:27
你这个应该是算势能g_energy出来的结果吧，我算的g_gyrate没有这个东西啊。
赞一下(1人) 回复此楼
霉菌
2楼2011-05-20 08:25:14
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20071130055

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gxsulong at 2011-05-20 08:25:14:
你这个应该是算势能g_energy出来的结果吧，我算的g_gyrate没有这个东西啊。

是的，我是g_enery计算出现的，我弄错了，不好意思。谢谢
  但我还是要问RMSD ，  Tot-Drift分别代表什么？
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3楼2011-05-20 16:24:20
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