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asaki

铜虫 (小有名气)

[求助] 高斯扫势能面的问题

关键字实用opt（modredundant）

貌似是不是高斯扫势能面得时候实用modredundant只能按照原子序号来？
我的本意是保持AB之间的距离不变然后扫CD之间的距离得到能量然后AB距离依次递减，但是由于原子序号的问题貌似结果是保持CD之间的距离扫AB键距离变化得到能量，但是这样得到的结果就比较错误了，因为AB间的键长一旦超过某个数值后整个构象会往能量低的方向走，让这个键长从最小值在扫到最大值的话就无法恢复一定合理的构象了。

考虑过慢慢扫线得到结果，但是势能面不是很平滑，而且曾经对比过这两种方法的结果却是有误差。

不知道坛子的朋友知道怎么处理这种问题吗？

还有问个题外话，扫势能面一定要扫成键和断键吗？能否同时扫两个成键的？
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liupei87

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1楼2011-05-19 09:18:19
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asaki

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by XYLF at 2011-05-22 01:55:25:
一直是用SCAN关键字扫描PES的····如果是键长变化和预想的不一样那就通过重新定位原子内坐标吧~不要把固定的原子和扫描原子加入过多的内坐标关系，比如固定原子与扫描原子确定内坐标时使用了角度关系，那么固定 ...

额 原子坐标的问题我解决了，固定原子是对整体体系的能量有微小的变化，不过话说回来，扫能量扫两次得到的结果还不同嫩 呵呵
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4楼2011-05-23 15:45:06
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
你现在知道怎么解决了吗？我不会能帮助我吗？我想知道输入命令，我要扫描协同反应
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
2楼2011-05-21 22:44:24
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XYLF

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

asaki(金币+1): 2011-05-23 15:43:53
asaki(金币+1): 2011-06-12 22:29:30
一直是用SCAN关键字扫描PES的····如果是键长变化和预想的不一样那就通过重新定位原子内坐标吧~不要把固定的原子和扫描原子加入过多的内坐标关系，比如固定原子与扫描原子确定内坐标时使用了角度关系，那么固定原子就会随着扫描原子移动而移动~可以加入Bq原子定位，建议设在较远的位置，因为Bq的加入对体系的能量貌似有微小影响，在体系较远端影响基本忽略！
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3楼2011-05-22 01:55:25
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
1楼: Originally posted by asaki at 2011-05-19 09:18:19:
关键字实用opt（modredundant）

貌似是不是高斯扫势能面得时候实用modredundant只能按照原子序号来？
我的本意是保持AB之间的距离不变然后扫CD之间的距离得到能量然后AB距离依次递减，但是由于原子序号的问题 ...

你好，请问scan扫描协同反应该怎么弄？同时扫两个成键，谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
5楼2012-02-09 15:31:52
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