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471276585

金虫 (正式写手)

[求助] 虫友帮忙解决几个CIF错误!

A类错误
PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact  H16    ..  H19A    ..       1.61 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H5A    ..  H18A    ..       1.54 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        297 A**3

B类错误
PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         38
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H1     ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H15    ...          ?

CIF出现了上面几个错误,好几天了我解决不了,请大家帮帮忙,先谢谢各位了!
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lyl163com

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

471276585(金币+10): 您好,我在晶体结构解析方面还是新手,这是第一次处理这种情况,能具体说说platon如何处理吗,我都不知道这具体是干什么的,怎么处理,谢谢了!还有就是B累错误的H2O,我把H删掉后用理论加H的方法就加不上了,之前的H是我老师解结构的时候加的 2011-05-16 15:01:27
引用回帖:
Originally posted by 471276585 at 2011-05-16 09:24:50:
A类错误
PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact  H16    ..  H19A    ..       1.61 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H5A    ..  H18A    ..       1.54 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A  ...

A类错误
PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact  H16    ..  H19A    ..       1.61 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H5A    ..  H18A    ..       1.54 Ang.
前两个H加错了建议删了重加
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        297 A**3
晶体中存在打孔,用platon处理
B类错误
PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         38
可能是空间群有问题
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H1     ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H15    ...          ?
氢加的有问题,删掉重加
2楼2011-05-16 09:51:05
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2009210721

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        297 A**3

说明还有溶剂存在
3楼2011-05-16 13:37:57
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lyl163com

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

471276585(金币+10): 3 2011-05-17 15:03:59
引用回帖:
Originally posted by 471276585 at 2011-05-16 09:24:50:
A类错误
PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact  H16    ..  H19A    ..       1.61 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H5A    ..  H18A    ..       1.54 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A  ...

你首先看一下有没有合适的Q峰投成溶剂分子,如果残余Q峰比较小或者比较乱,则再考虑用platon里的squeez处理。然后将产生的.sqz 文件里面的数据复制到.cif文件的最后面即可!
4楼2011-05-16 17:02:52
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zhangdan5132

新虫 (小有名气)

引用回帖:
1200618楼: Originally posted by lyl163com at 2011-05-16 17:02:52:
你首先看一下有没有合适的Q峰投成溶剂分子,如果残余Q峰比较小或者比较乱,则再考虑用platon里的squeez处理。然后将产生的.sqz 文件里面的数据复制到.cif文件的最后面即可!

用platon处理之后将sqz里面的内容复制到cif文件里面,这样是能消除这个错误还是说明有残余峰不能指认不了,还是能说明。。。?
5楼2012-04-23 23:26:31
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