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汕头大学海洋科学接受调剂
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huying15

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样加快ONIOM计算的速度

我想问下，我用PM3计算得到药物和环糊精对接的最佳构型，有6个方向，再用ONIOM对最佳的构型进行优化，有的所用时间较快，就1,2天；但有些算了4,5天没好，我想问下是什么原因，还有有什么方法加快计算的速度，请高手指教下，下面是输入文件的关键词
%mem=1000MB
%rwf=a,1990mb,b,1990mb,c,1990mb,d,1990mb,e,1990mb
# opt=tight oniom(b3lyp/6-31+g(d):pm3) geom=connectivity pop=minimal test
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1楼 2011-05-15 19:26:03
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huying15

铜虫 (小有名气)
我想问下，我在GaussianView5.0中没有看到BLYP这个方法，在哪里可以找到，还有就是auto可以在建好输入文件后再加上吗
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5楼2011-05-16 13:17:43
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

huying15(金币+2): 2011-05-15 23:33:26
如果大部分时间花在b3lyp/6-31+g(d)计算上，可以改用纯GGA+密度拟合，例如blyp/6-31+g(d)/auto
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-05-15 22:28:38
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huying15

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by beefly at 2011-05-15 22:28:38:
如果大部分时间花在b3lyp/6-31+g(d)计算上，可以改用纯GGA+密度拟合，例如blyp/6-31+g(d)/auto

我想问下，这样对计算的精密度有没有影响，b3lyp和blyp的区别是什么，还有auto是自己加关键词，还是gaussianview自动生成的
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3楼2011-05-15 23:37:11
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

huying15(金币+4): 谢谢 2011-05-16 13:15:33
如果是单参考体系，blyp（以及其他纯gga）和b3lyp的结果一般没有定性差别。并不是说非要用blyp，任何非杂化泛函都可以，可以先做些测试选个最好的。

auto是gaussian的一个关键词，表示自动生成密度拟合基组。

如果大部分计算并不是停留在b3lyp上（包括b3lyp梯度计算），则没必要改。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-05-16 00:44:22
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