24小时热门版块排行榜    

查看: 1312  |  回复: 6

huying15

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样加快ONIOM计算的速度

我想问下,我用PM3计算得到药物和环糊精对接的最佳构型,有6个方向,再用ONIOM对最佳的构型进行优化,有的所用时间较快,就1,2天;但有些算了4,5天没好,我想问下是什么原因,还有有什么方法加快计算的速度,请高手指教下,下面是输入文件的关键词
%mem=1000MB
%rwf=a,1990mb,b,1990mb,c,1990mb,d,1990mb,e,1990mb
# opt=tight oniom(b3lyp/6-31+g(d):pm3) geom=connectivity pop=minimal test
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

huying15(金币+2): 2011-05-15 23:33:26
如果大部分时间花在b3lyp/6-31+g(d)计算上,可以改用纯GGA+密度拟合,例如blyp/6-31+g(d)/auto
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-05-15 22:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huying15

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by beefly at 2011-05-15 22:28:38:
如果大部分时间花在b3lyp/6-31+g(d)计算上,可以改用纯GGA+密度拟合,例如blyp/6-31+g(d)/auto

我想问下,这样对计算的精密度有没有影响,b3lyp和blyp的区别是什么,还有auto是自己加关键词,还是gaussianview自动生成的
3楼2011-05-15 23:37:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

huying15(金币+4): 谢谢 2011-05-16 13:15:33
如果是单参考体系,blyp(以及其他纯gga)和b3lyp的结果一般没有定性差别。并不是说非要用blyp,任何非杂化泛函都可以,可以先做些测试选个最好的。

auto是gaussian的一个关键词,表示自动生成密度拟合基组。

如果大部分计算并不是停留在b3lyp上(包括b3lyp梯度计算),则没必要改。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-05-16 00:44:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huying15

铜虫 (小有名气)

我想问下,我在GaussianView5.0中没有看到BLYP这个方法,在哪里可以找到,还有就是auto可以在建好输入文件后再加上吗
5楼2011-05-16 13:17:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

GaussianView也就是建分子模型可以用,准备完整的输入文件还得读gaussian手册
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
6楼2011-05-16 21:16:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huying15

铜虫 (小有名气)

谢谢了
7楼2011-05-17 10:42:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huying15 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +3 要好好无聊 2026-03-21 3/150 2026-03-21 17:37 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 271材料工程求调剂 +8 .6lL 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:58 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见