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souledge

专家顾问 (著名写手)

[求助] TDDFPT,用团簇呢?还是周期结构呢?

看别人的论文,无论是用TDDFT还是TDDFPT的,都是在对分子之类的叫劲。尤其刚刚看到的一篇讨论C70和ZnTPP相互作用的(分子间相互作用),也都是非周期结构:The Journal of Chemical Physics 132, 104102(2010)
但是文中的ZnTPP-C70使用也是PWscf,并且是建立了一个盒子,把分子结构放在里面,消除了周期性的影响。
看了一下TDDFPT给的苯的例子,也是盒子结构的:

联想到现在的TDDFPT不支持多K点,也就是对周期性的模型的处理并不太好,尤其是对于晶体。联想之前进行过TiO2的计算,突然想问问,如果把TiO2的结构做成超胞,或者做成超胞后再把超胞放在盒子中,哪个会更加准确一点呢?请有经验和有理论的诸位大牛进来谈谈
事实上实验室用来测试的都是粉末~不过,一个粉末也比一个4个晶胞组成的团簇大得多啊……
超晶胞结构:

超晶胞+盒子结构:
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fzx2008

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【答案】应助回帖


gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-05-13 17:38:03
souledge(金币+1): 感谢提醒 2011-05-13 17:51:01
计算量(能不能算的动)是关键!
2楼2011-05-13 17:36:31
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-13 17:36:31:
计算量(能不能算的动)是关键!

由于只是K点,计算虽然不快,但是对资源的开销并不大,并且之前为了计算,也曾经租借过一台蓝色基因。
现在首先想弄明白的是,哪个方法更准确更合理,至于计算的速度和资源开销,现在先不考虑~
思想重于技巧,内涵重于表象
3楼2011-05-13 17:50:03
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souledge

专家顾问 (著名写手)

说错了,是只是Gamma点……
这发表了还不让修改,真崩溃……
思想重于技巧,内涵重于表象
4楼2011-05-13 17:50:39
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Sparkliang

金虫 (小有名气)

呵,问题写得很详细,可惜我不会。帮顶一下,望大侠都来讨论下
5楼2011-05-17 13:03:12
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fu19871111

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-05-13 16:46:37:
看别人的论文,无论是用TDDFT还是TDDFPT的,都是在对分子之类的叫劲。尤其刚刚看到的一篇讨论C70和ZnTPP相互作用的(分子间相互作用),也都是非周期结构:The Journal of Chemical Physics 132, 104102(2010)
但 ...

团簇不是不带周期结构的吗?难道是先切了之后加上去的?多谢
6楼2011-05-17 13:14:29
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2011-05-17 13:14:29:
团簇不是不带周期结构的吗?难道是先切了之后加上去的?多谢

话是这么说,但是实际上,计算程序肯定会用布洛赫定理的(Dmol3大概不用),既然用布洛赫定理,就无法实现不周期。
从建模上说,建立结构时,比如想八个顶点八种元素,可就是只给了你一个(0,0,0)位置,也没办法啊……
思想重于技巧,内涵重于表象
7楼2011-05-17 14:43:31
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

souledge(金币+9): 等的就是这个答案了 2011-05-17 16:59:54
这是两个问题了。
实际上TDDFPT并不限制周期结构,但是只是目前的版本只能算gamma点而已。原理上,你把原胞选取足够大,也是可以算的。但是TDDFPT也有其限制,并不是所有体系都能用。对于金属而言就可能会出问题。这个已经很多人讨论了。对化学生物体系,元素都相对简单,且都是非周期结构,所以用TDDFPT。所以呢,我想现阶段还是不算这些金属啊,多壳层元素体系的好。
8楼2011-05-17 16:29:58
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-05-17 16:29:58:
这是两个问题了。
实际上TDDFPT并不限制周期结构,但是只是目前的版本只能算gamma点而已。原理上,你把原胞选取足够大,也是可以算的。但是TDDFPT也有其限制,并不是所有体系都能用。对于金属而言就可能会出问题 ...

其实是看Baroni的学生的博士论文就是关于DSSC中TiO2和染料相互作用的,所以想试试能不能折腾折腾各种晶体~
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9楼2011-05-17 17:03:09
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

你应该注意,他们算的是TiO2和染料相互作用,主要是染料是非周期结构,且其元素一般即为较为简单的元素。如果单独的TiO2,我想可能会存在某些问题。
10楼2011-05-17 21:14:30
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