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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于原子位置的问题
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

[求助] 关于原子位置的问题

做表面吸附建模型的时候，被吸附原子的位置怎样确定呢？也就是被吸附原子具体该放在那些位置呢？我看文献上说有桥位、顶位、空位，这些具体都指的是哪些位置呢，怎样把原子放在这些位置呢？知道的虫友请帮帮忙，金币酬谢！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
1楼 2011-05-11 13:38:08
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+2): 楼主奖励 2011-05-18 08:41:53
ben_ladeng(金币+2): 楼主奖励 2011-05-18 08:43:09
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:50:29:
谢谢指导!我还想问一句：我一般是先建一个晶胞，将之优化，然后再切面（001），将（001）面优化后再吸附O2，这样对吗？还是说切完（001）面之后不用优化直接吸附O2，这两种做法哪一个比较好，还请指教！

先优化晶胞，优化好之后切面，然后将o2放上去，再优化，优化时要考虑放开上面的表面层，即考虑驰豫以及表面吸附物对表面的影响，至于表面放开几层，可以自己做个测试......
当然也可以切出表面之后先优化在放O2，但O2放上后还是需要优化的.....
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
18楼2011-05-17 21:58:07
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-05-11 20:13:29
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-11 13:38:08:
做表面吸附建模型的时候，被吸附原子的位置怎样确定呢？也就是被吸附原子具体该放在那些位置呢？我看文献上说有桥位、顶位、空位，这些具体都指的是哪些位置呢，怎样把原子放在这些位置呢？知道的虫友请帮帮忙，金 ...

自己放吧
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ct_20131001
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
2楼2011-05-11 15:17:14
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-11 15:17:14:
自己放吧

谢谢你的图片指示，我想问fcc的是不是就是所谓的空位？hcp 是什麽位置，这个我还没见过。还有就是当建模型的时候，需要输入吸附的原子坐标，这个该怎麽确定呢？就以下面的这个文件为例（物质AB的001面），如果我想吸附O2，那麽在顶位，空位，桥位O2的坐标该怎末确定呢？

A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333332551    0.666667458    0.704005757
B0001    B     0.000000000    0.000000000    0.234240000
B0002    B     0.000000000    0.000000000    0.367120000
B0003    B     0.000000000    0.000000000    0.500000000
B0004    B     0.999999329    0.000000668    0.632506363
B0005    B     0.999999240    0.000000749    0.756236627
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臾兮，臾兮，何时是归期！
3楼2011-05-11 19:29:56
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cavediger

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-12 08:47:51
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-11 19:29:56:
谢谢你的图片指示，我想问fcc的是不是就是所谓的空位？hcp 是什麽位置，这个我还没见过。还有就是当建模型的时候，需要输入吸附的原子坐标，这个该怎麽确定呢？就以下面的这个文件为例（物质AB的001面），如果 ...

真是个懒家伙，不待你这么玩儿的
1.fcc和hcp的区别，图里面显示得已经很清楚了，仔细瞅瞅.....
2.你给的那些实际上是分数坐标，即以slab边长为一个单位给出的相对值，确定了要吸附在什么位置，坐标也就定了，很多情况下，x,y坐标都是某整数分之一，z坐标根据键长大约计算一下离开表面层的高度也就可以确定下来了......
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
4楼2011-05-12 05:20:27
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