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kmw.8668金虫 (正式写手)
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关于原子位置的问题
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| 做表面吸附建模型的时候，被吸附原子的位置怎样确定呢？也就是被吸附原子具体该放在那些位置呢？我看文献上说有桥位、顶位、空位，这些具体都指的是哪些位置呢，怎样把原子放在这些位置呢？知道的虫友请帮帮忙，金币酬谢！ |
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【答案】应助回帖
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kmw.8668(金币+10): 5 2011-05-15 09:49:57
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:25:54
kmw.8668(金币+10): 5 2011-05-15 09:49:57
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:25:54
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顶位（top site)，就是吸附原子在表面层原子的正头顶上的位置，即吸附原子的x,y坐标与它最近的表面层原子的x,y坐标一样，只是z坐标不同，相差一个原子间距d。 桥位(bridge site), 就是吸附原子在两个表面原子的连线的中点的上位，假设两个表面原子的坐标分别为(x1_s, y1_s, z1_s)和(x2_s, y2_s, z2_s= z1_s)，那么在桥位的吸附原子的坐标为( (x1_s + x2_s)/2, (y1_s+y2_s)/2, z1_s +d)。 空位(hollow site)，就是吸附原子在表面原子所构成的正三角形、四边形、或六边形的中心位置的头顶位。根据两点的中点公式，可以很容易确定空位位置的坐标。 |
9楼2011-05-14 22:11:35
ct_201310012楼2011-05-11 15:17:14
4楼2011-05-12 05:20:27
8楼2011-05-14 06:07:47
kmw.8668
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11楼2011-05-16 08:57:54
valenhou001
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franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:27:12
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:27:12
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这里的d只是代表一个初始值而已。 coverge指的是吸附物的覆盖度。建议读读有关的表面化学或表面化学书，了解一些最基本的东西。 http://www.uksaf.org/tutorials.html http://www.chem.qmul.ac.uk/surfaces/scc/ 比如最小的表面原胞内含一个吸附物，那覆盖度就是1，如果 2x2的超原胞里含一个吸附物，那覆盖度就是1/4。其他情况依次类推。 |
16楼2011-05-16 19:32:12
kmw.8668
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17楼2011-05-17 20:50:29
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谢谢你的图片指示，我想问fcc的是不是就是所谓的空位？hcp 是什麽位置，这个我还没见过。还有就是当建模型的时候，需要输入吸附的原子坐标，这个该怎麽确定呢？就以下面的这个文件为例（物质AB的001面），如果我想吸附O2，那麽在顶位，空位，桥位O2的坐标该怎末确定呢？ A0001 A 0.333330000 0.666670000 0.300680000 A0002 A 0.333330000 0.666670000 0.433560000 A0003 A 0.333332795 0.666667213 0.567652256 A0004 A 0.333332551 0.666667458 0.704005757 B0001 B 0.000000000 0.000000000 0.234240000 B0002 B 0.000000000 0.000000000 0.367120000 B0003 B 0.000000000 0.000000000 0.500000000 B0004 B 0.999999329 0.000000668 0.632506363 B0005 B 0.999999240 0.000000749 0.756236627 |
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