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hugoxia

木虫 (正式写手)

[求助] VASP 中晶体结构问题,急切等待中

小弟刚开始学习做计算,很多地方还弄不清楚。想用MS中的CASTEP模块对Boemhite(γ-AlOOH)结构进行一下研究,文中γ-AlOOH晶体结构图如图所示,但在MS中结构库中没有H,自动加H结果是错误的,如果VASP数据库中有此结构,请各位大大传到网盘上,谢谢。
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你可以漠视我的存在,但不能漠视我的努力。
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enola

捐助贵宾 (正式写手)


youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-05-06 17:15:18
引用回帖:
Originally posted by hugoxia at 2011-05-06 16:51:34:
小弟刚开始学习做计算,很多地方还弄不清楚。想用MS中的CASTEP模块对Boemhite(γ-AlOOH)结构进行一下研究,文中γ-AlOOH晶体结构图如图所示,但在MS中结构库中没有H,自动加H结果是错误的,[eimg]2d/07/944992_13 ...

这个应该是要自己建立的,具体的晶体结构要从晶体库去查
timeflies..
2楼2011-05-06 17:00:59
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aylayl08

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【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢指点 2011-05-06 20:40:08
hugoxia(金币+5): 谢谢 2011-05-10 08:14:29
H原子手动加上,工具栏有加原子的,调整到大致位置,之后把结构导出来转化成POSCAR再行优化。
珍惜拥有,快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
3楼2011-05-06 18:07:44
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hugoxia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-05-06 17:00:59:
这个应该是要自己建立的,具体的晶体结构要从晶体库去查

谢谢回复,具体的数据从哪个数据库查呢,CDCC?我没有那个软件,能否帮忙查一下,万分感谢。
你可以漠视我的存在,但不能漠视我的努力。
4楼2011-05-10 08:15:51
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hugoxia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by aylayl08 at 2011-05-06 18:07:44:
H原子手动加上,工具栏有加原子的,调整到大致位置,之后把结构导出来转化成POSCAR再行优化。

为什么要导出来,在CASTEP中直接优化结构不行吗?转化成POSCAR是什么意思,小弟小白,不懂,能否具体些。谢谢
你可以漠视我的存在,但不能漠视我的努力。
5楼2011-05-10 08:17:48
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aylayl08

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【答案】应助回帖

hugoxia(金币+5): 2011-05-10 09:11:54
引用回帖:
Originally posted by hugoxia at 2011-05-10 08:17:48:
为什么要导出来,在CASTEP中直接优化结构不行吗?转化成POSCAR是什么意思,小弟小白,不懂,能否具体些。谢谢

你的标题不是说用VASP计算吗?如果用MS就可以直接优化了
珍惜拥有,快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
6楼2011-05-10 08:27:27
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hugoxia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by aylayl08 at 2011-05-10 08:27:27:
你的标题不是说用VASP计算吗?如果用MS就可以直接优化了

是啊,我现在模型不会建,不知道这种结构的数据从哪里查,你能帮我查一下吗?谢谢。我现在下着ISCD的数据库,不知道能查到不,期待中,谢谢你的回复
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7楼2011-05-10 09:11:47
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fzx2008

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
hugoxia(金币+20): 谢谢回帖 2011-05-10 10:05:50
ellsaking(金币+3): 谢谢帮助 2011-05-10 11:02:12
ellsaking(金币+3): 谢谢帮助 2011-05-10 11:02:13
hugoxia你好,ICSD中结构cif文件已帮你导出,MS中可以直接Import,H需要手动添加,建模后优化
8楼2011-05-10 09:41:24
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hugoxia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-10 09:41:24:
hugoxia你好,ICSD中结构cif文件已帮你导出,MS中可以直接Import,H需要手动添加,建模后优化

这个结构MS中也有,我想要的是如图所示的那种结构的,我是小白刚开始做,怎么文献中的表面加的H,使得有些氧的化学键变成了三键呢?数据库中能不能查出原子的具体坐标啊,我想自己手动建模。谢谢
你可以漠视我的存在,但不能漠视我的努力。
9楼2011-05-10 10:08:35
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hugoxia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-10 09:41:24:
hugoxia你好,ICSD中结构cif文件已帮你导出,MS中可以直接Import,H需要手动添加,建模后优化

有没有直接带H原子的结构,我小白,晶体结构中的怎样加H原子我也不会,望指教。
你可以漠视我的存在,但不能漠视我的努力。
10楼2011-05-10 10:14:16
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