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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

[交流] 水分子在纳米管中,求其氢键与管轴的夹角 已有1人参与

水分子在纳米管中,求其氢键与管轴的夹角,怎么编程,如能提供源程序,感激不尽
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢! 2011-05-22 22:44:30
可以尝试一下这样的做法,读取分子的坐标文件,认为当满足一定条件时即氧跟氢形成氢键(例如,当分子间的氧氢之间的距离在1.2A,键角大于120小于180的时候认为此时就形成氢键)这时计算成键的氧氢原子之间(Xo-Xh)(Yo-Yh)(Zo-Zh),求得其斜率,再与碳管的斜率做个简单的计算(也可以之前就把碳管调到一个比较舒服的位置,这样或许能节省不少麻烦),我也没做过这个东西,以上仅是我的想法,不知道有用没
3楼2011-05-22 10:11:57
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

wo ding!那位大哥帮帮小弟
2楼2011-05-09 09:50:41
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