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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 水分子在纳米管中，求其氢键与管轴的夹角
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

[交流] 水分子在纳米管中，求其氢键与管轴的夹角 已有1人参与

水分子在纳米管中，求其氢键与管轴的夹角，怎么编程，如能提供源程序，感激不尽
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1楼 2011-05-05 09:56:16
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)
wo ding!那位大哥帮帮小弟
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2楼2011-05-09 09:50:41
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whl2dxl

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+3): 谢谢！ 2011-05-22 22:44:30
可以尝试一下这样的做法，读取分子的坐标文件，认为当满足一定条件时即氧跟氢形成氢键（例如，当分子间的氧氢之间的距离在1.2A，键角大于120小于180的时候认为此时就形成氢键）这时计算成键的氧氢原子之间（Xo-Xh）(Yo-Yh)(Zo-Zh)，求得其斜率，再与碳管的斜率做个简单的计算（也可以之前就把碳管调到一个比较舒服的位置，这样或许能节省不少麻烦），我也没做过这个东西，以上仅是我的想法，不知道有用没
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3楼2011-05-22 10:11:57
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