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mashulin铁杆木虫 (正式写手)
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PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H18’ .. H19C .. 1.72 Ang.
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求助：PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H18’ .. H19C .. 1.72 Ang. 如何解决？ |
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2楼2011-04-29 08:55:41
etongtong
铁杆木虫 (著名写手)
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3楼2011-04-29 09:08:12
etongtong
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【答案】应助回帖
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Sorry,不是bang，而是bump命令。其格式为： bump 0.02 其作用为： If two atoms that are not connected according to the connectivity table approach each other to a distance shorter than the expected shortest non-bonding distance, BUMP generates a restraint that pushes those atoms apart. Those 'anti-bumping′ restraints are generated for the element types C, N, O and S and also for hydrogen atoms that are not bonded to the same atom. This restraint is used almost exclusively for the refinement of macromolecular structures and can help to avoid energetically unfavourable side-chain conformations. It also helps to generate a solvent model with acceptable hydrogen bonding distances that is consistent with the diffraction data. 我记错了，这个命令不常用，许多人不知道。 |
4楼2011-04-30 19:23:33