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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 【求助/交流】求助PAUP（windows版本）构建NJ树时的输入命令的问题
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wodsh

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助PAUP（windows版本）构建NJ树时的输入命令的问题

最近用PAUP构建了NJ树，因为对这方面不太懂，最后发现输入的命令可能有问题，分支长度没有区别，并且substitution/site值也不对，别人文献里基本都是0.01，而我的确是10，我用的命令见下,求高人指导。
-------------------------------------------------------------   
Set criterion=distance
  dset distance=hky85
  Outgroup FJ883747
  NJ
Bootstrap  nreps=1000 search=nj
savetrees file=N.tre brlens=yes savebootp=both from=1 to=2
再输入NJ后可以看见树的分支长度是不一样的，但用bootstrap评估完后就一样了，是不是我应该更改什么命令呢？求解答
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1楼 2011-04-17 10:01:51
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wodsh

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 15:45:00:
用MEGA？

用PAUP，mega的说明书挺多，但paup的介绍比较少
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4楼2011-04-18 16:18:51
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wodsh

铜虫 (正式写手)
怎么没有高人出现呢
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-18 13:50:34
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wodsh(金币+5): 2011-04-25 14:58:39
那就用MEGA呗。。。比较快。。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-18 17:15:52
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wodsh

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 17:15:52:
那就用MEGA呗。。。比较快。。

文章已经投了，因为树的形状现在回修，没法再改用别的软件作树了
赞一下 回复此楼
6楼2011-04-18 17:24:44
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