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【求助】产生psf文件时出现的Missing atoms for conformation definition 已有2人参与
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在产生psf文件时，结束后。shell出现了这样的信息： 这是什么原因？？是原始pdb文件的原因吗？？ 这是我产生psf的脚本： 进行psf生成前的文件准备(prepfiles.tcl)： mol load pdb 1J4N-ALL.pdb foreach S {A B C D} { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S {A B C D} { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 100 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } exit 产生psf文件（build.psf）: package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residues HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias resid HOH TIP3 foreach S {A B C D} { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb aqp0.pdb writepdb aqp0.psf exit |
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2楼2011-04-16 16:32:00
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御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-18 10:12:08
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-18 10:12:08
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找到原因了，也就是我在运行prepfiles.tcl这一步后，产生的segA.pdb segB.pdb segC.pdb segD.pdb，在这些文件的通道里还是含有水分子（这一步按照教程的理解,应该是蛋白和水分子要分别在不同的pdb文件里），而产生的crystwatA.pdb crystwatB.pdb crystwatC.pdb crystwatD.pdb是正常的，也就是只含有通道里的水分子 。 这是到prefiles.tcl这一步的操作流程，大家看看我哪一步需要修改： 1. 通过vmd先找到通道中的水分子，获取它们的编号 2. 然后生成这些水分子的pdb文件（例子）： mol load pdb 1J4N.pdb set model [atomselect top "water and (resid 301 or resid 302 or resid 303 or resid 304)"] $model writepdb wat.pdb exit 3. 生成蛋白的pdb文件： mol load pdb 1J4N.pdb set model [atomselect top protein] $model writepdb 1j4n.pdb exit 4. 合并wat.pdb 与1j4n.pdb 这一步不用写脚本，直接把wat.pdb的内容（即去头去尾）拷贝到1j4n.pdb的END前即可。 5. over。 构建四聚体(buildtetra.tcl): mol load pdb 1j4n.pdb set all [atomselect top all] $all set segname A $all writepdb 1J4N-A.pdb $all delete set sel [atomselect top all] $sel set segname B $sel move {{-1.0 0.0 0.0 93.331} {0.0 -1.0 0.0 93.331} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-B.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1j4n.pdb set sel [atomselect top all] $sel set segname C $sel move {{0.0 -1.0 0.0 93.331} {1.0 0.0 0.0 0.0} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-C.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1j4n.pdb set sel [atomselect top all] $sel set segname D $sel move {{0.0 1.0 0.0 0.0} {-1.0 0.0 0.0 93.331} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-D.pdb $sel delete cat 1J4N-A.pdb 1J4N-B.pdb 1J4N-C.pdb 1J4N-D.pdb > 1J4N-ALL.pdb 然后打开1J4N-ALL.pdb,搜索END,把中间的三个END及相应的杂项去掉，保存为1J4N-ALL.pdb。此时就生成了四聚体pdb文件。 进行psf生成前的文件准备(prepfiles.tcl)： mol load pdb 1J4N-ALL.pdb foreach S {A B C D} { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S {A B C D} { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 100 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } exit |
3楼2011-04-18 09:58:21
4楼2011-04-18 10:01:51
5楼2011-04-18 10:19:14
6楼2011-04-18 10:19:25
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zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-18 18:33:22
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-18 18:33:22
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在产生psf文件时使用的脚本是： 产生psf文件（build.psf）: package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residues HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias resid HOH TIP3 foreach S {A B C D} { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb aqp0.pdb writepdb aqp0.psf exit 不过在产生psf时会出现下面的问题： 这个问题是不是正常的，如果不正常，怎样避免？？  |
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宋梦华7楼2011-04-18 10:20:00
8楼2011-04-18 10:30:50
9楼2017-03-27 09:36:41
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