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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】安装siesta2.0.2时如何编译arch.make？？
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mayim2008

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】安装siesta2.0.2时如何编译arch.make？？

汗，又遇到问题了，特请善良的好心的虫虫指点~~~~
前面编译MKL 和ifort都成功了
后来又安装了openmpi，可是，如果我不做并行计算，这个MPI不安装也行吧，安装了也没坏处吧？
俺是菜鸟啊，大侠们多多体谅啊~~
安装SIESTA2.0.2时，我的命令是这样的;
先 tar -zxvf siesta-2.0.2.tgz 解压缩
然后cd Src
然后cp  Sys/intel-mkl.make   arch.make  就是把Sys的intel-mkl.make文件拷贝到Src下，然后改名为arch.make吧
之后，是不是要修改arch.make呢
命令是vi  arch.make么？这个命令不太符合XP下的编辑习惯，有没有适合XP编辑下的命令呢？？
然后，编译arch.make文件后，是不是输入$make就可以了？

下面是我的原始arch.make文件，没有做任何修改的
我应该改哪些参数呢？
我看了别人编译的一些例子，用红字标记的应该是要改的吧，怎么改呢？还有，貌似我的arch.make好像不完善啊？
求高人指点，小女子感激不尽！


我的系统是ubantu9.04
MKL是10.3.2.137
ifort是2011.2.137
openmpi是1.4.2
------------------------------------------
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996-2006.
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
SIESTA_ARCH=intel-mkl#
# Intel fortran compiler for linux with mkl optimized blas and lapack
#
# Be sure to experiment with different optimization options.
# You have quite a number of combinations to try...
#
FC=ifc
#
FFLAGS= -w -mp -tpp5 -O3
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
COMP_LIBS=
RANLIB=echo
#
NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=
DEFS_CDF=
#
MPI_INTERFACE=
MPI_INCLUDE=
DEFS_MPI=
#
GUIDE=/opt/intel/mkl/lib/32/libguide.a
LAPACK=/opt/intel/mkl/lib/32/libmkl_lapack.a
BLAS=/opt/intel/mkl/lib/32/libmkl_p3.a
#G2C=/usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.96/libg2c.a
LIBS=$(LAPACK) $(BLAS) $(G2C) $(GUIDE)  -lpthread
SYS=bsdDEFS= $(DEFS_CDF) $(DEFS_MPI)
#
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)  $(DEFS) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)   $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)  $(DEFS) $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)   $<
#

[ Last edited by mayim2008 on 2011-4-6 at 22:01 ]
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1楼2011-04-06 21:57:16
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-04-15 00:00:47
嘿嘿，没有关系
虽然错误多，但是原因比较简单，就是库没有链接好，导致找不到这个库的函数，所以fortran在编译到siesta代码中引用到库中函数的部分时，就会提示undefined reference，看上去比较壮观，但把库设置好后就都会消失的。
你这个库的设置确实比较麻烦，因为你的mkl版本特别新，而你siesta提供的make文件好像是针对特别旧版本mkl的，所以差别可能比较大
另外仔细看了下你给出的这个arch.make，感觉里面有的地方挺奇怪的，比如红字的SIESTA_ARCH=intel-mkl 怎么跑到说明部分去了？虽然不影响编译～但说明你这个文件不是官方提供的，或是被别人修改过，那么也不要过于信任它了。找找看有没有官方提供的使用新版本mkl的make文件
（3楼提供的10.0版本应该比较接近，可惜是并行+64位，你可以对比一下）
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12楼2011-04-14 23:44:06
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3, 1ST强帖+1): 谢谢详细指点 2011-04-06 23:42:17
mayim2008(金币+5): 太感谢了~~~ 2011-04-07 18:15:16
我没有安装过siesta，不了解有什么特别注意的地方，说下我知道的
首先，用不惯vi 你可以使用 gedit arch.make  来编辑它

至于文件中需要修改的地方
GUIDE=/opt/intel/mkl/lib/32/libguide.a
LAPACK=/opt/intel/mkl/lib/32/libmkl_lapack.a
BLAS=/opt/intel/mkl/lib/32/libmkl_p3.a
这些是数学库的路径，应该设置成你系统的情况，也就是说找到libmkl_p3.a，libmkl_lapack.a，libguide.a 在哪，把正确的路径添加到这里。
另外FC=ifc 这个是你的fortran编译器命令，现在intel的命令应该是ifort吧
MPI_... 相关行的是设置并行的，如果你不打算并行计算可以忽略

你可以试着执行下编译，看有什么提示
编译的命令应该是make，不过也可能需要加入选项，比如make -all之类的。你可以看下程序的主文件夹下有没有Readme，或者打开Makefile文件看文件最开始有没有相关的提示
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2楼2011-04-06 23:15:47
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3): 谢谢分享，呵呵 2011-04-07 16:18:39
mayim2008(金币+5): 谢谢啊~~ 2011-04-07 18:15:38
引用回帖:
Originally posted by mayim2008 at 2011-04-06 14:57:16:
汗，又遇到问题了，特请善良的好心的虫虫指点~~~~
前面编译MKL 和ifort都成功了
后来又安装了openmpi，可是，如果我不做并行计算，这个MPI不安装也行吧，安装了也没坏处吧？
俺是菜鸟啊，大侠们多多体谅啊~~
...

我也是用的mkl编译的。只不过我用的是64位的，当然也有对应的32位的。可以类比一下。
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-REHL-5.4

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 -i-static
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE= libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/zhanggp/software/openmpi-1.2.6/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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3楼2011-04-07 15:18:10
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mayim2008

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2011-04-06 23:15:47:
我没有安装过siesta，不了解有什么特别注意的地方，说下我知道的
首先，用不惯vi 你可以使用 gedit arch.make  来编辑它

至于文件中需要修改的地方
GUIDE=/opt/intel/mkl/lib/32/libguide.a
LAPACK=/opt/in ...

你好，今天去编译了一下，修改了如下参数，
FC=ifort
LAPACK=/home/juan/intel/mkl/lib/ia32/libmkl_lapack.a
另，没有libmkl_p3.a这个文件啊，只有libmkl_p4.so文件
也找不到libguide.a文件

make后
出现了：
Compilation architecture to be used: intel-mkl
If this is not what you want, create the right
arch.make file using the models in Sys

Hit ^C to abort...

==> Incorporating information about present compilation (compiler and flags)
make[1]: Entering directory `/home/syzx/TEM/siesta-2.0.2/Src'
ifort -c -w -mp -tpp5 -O3     compinfo.F90
make[1]: ifort: Command not found
make[1]: *** [compinfo.o] Error 127
make[1]: Leaving directory `/home/syzx/TEM/siesta-2.0.2/Src'
make: *** [version] Error 2
----------------------------------------------
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4楼2011-04-08 22:07:49
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