24小时热门版块排行榜    

查看: 3970  |  回复: 29
本帖产生 2 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

[交流] 【求助】关于玻尔兹曼公式 已有8人参与

想请教大家一个“问题”(这个问题只能加引号,肯定不是应该问的问题)
我对分子模拟完全不懂哈 别鄙视我的“问题”啊
如果两个构象 他们之间的deltaE=4.33kCal/mol(也就是18.1kJ/mol)那么即使是在常温下,能量低的一种构象也应该是占有绝对的数量优势,是吗?
=========================================
两个构象 Ei-Ej=18.1kJ/mol
那么[18.1*(10^3)J/mol]/[6.02*(10^23)/mol]=3.01*(10^-20)J
那么
Ni/Nj
=exp[-(Ei-Ej)/(kT)]
=exp{-(3.01*(10^-20)J)/[(1.38*(10^-23)J/K)]*273K}
=0.000339
我用波尔兹曼公式算对了吧?
回复此楼
己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-07 18:19:23
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-07 17:44:18:
熵也好,自由能也好,都只能是统计意义上的量。熵是与热力学微观状态数有关的(玻尔兹曼定律,或者叫熵的微观解释)。一个宏观态下的体系,对应于大量的热力学微观状态, 对于其中的一个微观状态,怎样定义熵呢 ...

考虑2d square lattice Ising模型,能量最低的构象为自旋全部向上或向下,也就是说这一构象的态密度为2,那么对应的熵为$k_B\ln{2}$,怎么就不能定义熵了呢。没有哪本书说,因为2称不上大量,这里的熵就没有意义了。
23楼2011-04-07 17:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-07 19:41:57
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-07 18:35:22:
呵呵,大概你理解的构像和我说的构像不是一回事吧。我理解的一个构像,就是好像一个MD步或者一个MC步生成的一个东东,它是系统的大量微观状态中的一个,然后系统的性质是对这大量的微观状态(即大量的构像)做统计 ...

构型和构象没有什么严格或唯一的定义,所以最安全的就是根据上下文来确定。楼主的问题涉及到构象的几率,因此这里的构象实际上是根据某个或某些序参数(order parameter)或反应坐标(reaction coordinate)划分的一系列微观状态的集合。我们真正感兴趣的也是这种定义下的构象。

至于MC或者MD中产生的、由速度和位置等坐标定义的一个个特定构象或构型,我们是无法确定熵的。重要的是一个个地去看这些构象或构型是没有意义的。
25楼2011-04-07 19:36:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-08 12:58:38
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-07 20:15:59:
哦。讲了半天,你所说的构象是一个状态,它对应于一个分布,是微观态的集合。那和我讲的构象不是一回事。呵呵。

所以上面我说上下文很重要。不针对具体问题只谈概念没有意义不是。
27楼2011-04-07 21:17:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 鱼妃 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见