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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】CIF改错
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ling0302

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】CIF改错

CHECK CIF 后出现了如下错误，不知道如何改正，请大家帮忙提点改正意见啊
谢谢各位了
Alert level A
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H1WA .. H1WB .. 1.60 Ang.
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H1WB .. H2WB .. 1.63 Ang.
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1楼 2011-04-04 11:02:59
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272879222

铜虫 (小有名气)
★
nash603(金币+1): 谢谢会提！欢迎常来晶体版！ 2011-04-04 15:35:00
主要是分子间 D-H .. H-D  作用，与放错位置的无序有关
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2楼2011-04-04 11:59:24
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
nash603(金币+1): 谢谢会提！欢迎常来晶体版！ 2011-04-04 15:35:07
如果是O上的H，说明H的位置不合适，需要调整。
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3楼2011-04-04 13:44:37
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ling0302

金虫 (小有名气)
最大残峰好像是游离水，但通过残峰加氢的方法找不到氢，我把残峰数调到100在它的周围也没有出现合理的氢原子
我通过固定加氢的方法加上之后check cif 的时候又出现如上的A类错误，这样的问题用什么方法可以解决啊
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4楼2011-04-05 10:01:03
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
ling0302(金币+3): 2011-04-11 09:54:08
ling0302(金币+2): 2011-04-11 09:54:56
调整H的位置，使其之间的距离达到2.2以上，试试吧。
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5楼2011-04-05 10:06:00
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赤焰

木虫 (小有名气)
ling0302(金币+1): 2011-04-11 09:53:54
DFIX 其母原子间的距离即可
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6楼2011-04-07 22:09:52
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hufeilong1982

木虫 (正式写手)
水分子加氢的方向问题
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7楼2011-04-08 19:09:01
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今天9088

金虫 (小有名气)
重新加氢，不行的话数据发到danwenyan_2005@163.com我给你理论加氢一下应该就没有问题了！
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8楼2011-04-08 19:13:12
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甜甜小田

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yytsnake at 2011-04-04 13:44:37:
如果是O上的H，说明H的位置不合适，需要调整。

你好，我也遇到OH基上的氢提示出错，请问应该怎么调整呢？tuzi28:
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9楼2012-01-11 17:48:24
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 甜甜小田 at 2012-01-11 17:48:24:
你好，我也遇到OH基上的氢提示出错，请问应该怎么调整呢？tuzi28:

一般先用GROW模式，直观地观察该OH周围的环境，从化学的角度判断H原子指向哪个acceptor原子是合理的，然后人为调整该H原子的位置，使其形成合理的H键。这样就不会出现对应的A、B类错误了。It's easy to do that. Ok?
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10楼2012-01-11 19:58:22
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甜甜小田

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by yytsnake at 2012-01-11 19:58:22:
一般先用GROW模式，直观地观察该OH周围的环境，从化学的角度判断H原子指向哪个acceptor原子是合理的，然后人为调整该H原子的位置，使其形成合理的H键。这样就不会出现对应的A、B类错误了。It's easy to do that. ...

嗯，万分感谢啦
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11楼2012-01-12 15:52:13
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king_zhubin

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by yytsnake at 2012-01-11 19:58:22
一般先用GROW模式，直观地观察该OH周围的环境，从化学的角度判断H原子指向哪个acceptor原子是合理的，然后人为调整该H原子的位置，使其形成合理的H键。这样就不会出现对应的A、B类错误了。It's easy to do that. O ...

请问，如何调整该H原子的位置啊？Fit 之后，refine吗？
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12楼2016-03-02 22:48:50
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