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【求助】CIF改错
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ling0302
金虫
(小有名气)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 670.2
帖子: 60
在线: 30.8小时
虫号: 1013214
[交流]
【求助】CIF改错
CHECK CIF 后出现了如下错误,不知道如何改正,请大家帮忙提点改正意见啊
谢谢各位了
Alert level A
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H1WA .. H1WB .. 1.60 Ang.
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H1WB .. H2WB .. 1.63 Ang.
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2011-04-04 11:02:59
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king_zhubin
新虫
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应助: 2
(幼儿园)
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帖子: 117
在线: 75.1小时
虫号: 1951592
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼
:
Originally posted by
yytsnake
at 2012-01-11 19:58:22
一般先用GROW模式,直观地观察该OH周围的环境,从化学的角度判断H原子指向哪个acceptor原子是合理的,然后人为调整该H原子的位置,使其形成合理的H键。这样就不会出现对应的A、B类错误了。It's easy to do that. O ...
请问,如何调整该H原子的位置啊?Fit 之后,refine吗?
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12楼
2016-03-02 22:48:50
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272879222
铜虫
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虫号: 1075277
★
nash603(金币+1): 谢谢会提!欢迎常来晶体版! 2011-04-04 15:35:00
主要是分子间 D-H .. H-D 作用,与放错位置的无序有关
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2楼
2011-04-04 11:59:24
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yytsnake
至尊木虫
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在线: 444.6小时
虫号: 92066
★
nash603(金币+1): 谢谢会提!欢迎常来晶体版! 2011-04-04 15:35:07
如果是O上的H,说明H的位置不合适,需要调整。
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3楼
2011-04-04 13:44:37
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ling0302
金虫
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在线: 30.8小时
虫号: 1013214
最大残峰好像是游离水,但通过残峰加氢的方法找不到氢,我把残峰数调到100在它的周围也没有出现合理的氢原子
我通过固定加氢的方法加上之后check cif 的时候又出现如上的A类错误,这样的问题用什么方法可以解决啊
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4楼
2011-04-05 10:01:03
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