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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】跑完MD后分析哪些东西啊？？？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-20 22:03:34
RMSD是自己写脚本处理？
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11楼2011-04-13 13:12:41
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
cenwanglai(金币+2): 谢谢回复 2011-04-14 09:19:03
本帖仅楼主可见
12楼2011-04-13 18:51:07
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孟广昊

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
蛋白质的可以分析径向分布和扩散系数吗？
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13楼2011-04-18 14:45:46
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相约南药

木虫 (正式写手)

药物上将
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:03:56
一般要计算一下RMSD值 因为如果做生物学的一般要考虑复合物的稳定性 这就需要在跑完动力学
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为了理想不停的奋斗吧
14楼2011-09-19 17:19:47
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-20 22:04:03
引用回帖:
1楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2011-03-29 14:27:27:
跑完长时间的MD后，按照研究问题的需要，要分析结果。看了文献上有分析RMSD，HB，Rg，想请教一下还可以分析哪些啊？多谢啦

我觉得你也可以分析溶剂的分布
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科研就是讨论出来的
15楼2011-09-20 10:09:34
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jackyma

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2011-04-13 18:51:07:
vmd可处理

也可以用python之类脚本语言自己写脚本处理。用的好的话，比vmd好用。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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16楼2011-10-05 23:15:52
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