应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】游离水分子理论加氢的命令
51/1返回列表
查看: 2805  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lyl163com

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】游离水分子理论加氢的命令

本人刚刚学习单晶解析，对游离水加氢无从下手，尤其是理论加氢这一块！
希望能把详细一点的步骤说一下！比如都要写什么命令（越详细越好）！谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

如何创建氢键 淘帖

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-28 08:43:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl163com

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hardy2709 at 2011-03-28 08:59:15:
配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例.

1)     在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容

AFIX  93

H1WA  2  -0.57883  -0.15524  -0.09214  11.00000  -1.20000

H1WB  ...

在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢后不

用XL修正直接按原文件名保存，再从INS文件看所加氢的信息进行下面的步骤吗？
防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，是在什么时候加，在哪加？
本人比较菜，希望解答！谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-28 09:15:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)
lyl163com(金币+2): 2011-03-29 09:23:02
游离水的加氢，一般采用Q峰加氢
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-28 08:52:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hardy2709

木虫 (小有名气)
lyl163com(金币+18): 2011-03-29 09:23:10
配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例.

1)     在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容

AFIX  93

H1WA  2  -0.57883  -0.15524  -0.09214  11.00000  -1.20000

H1WB  2  -0.78158  -0.04092  -0.08415  11.00000  -1.20000

AFIX   0

2)     删除AFIX  93　和　AFIX   0

3)     把氢温度因子限制条件 -1.2 改为 -1.5

4)     增加下面限制条件

DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA

DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB

DFIX 1.34 0.02 H1WA H1WB

5)        为了防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，XL稳定后即可去掉再修正。


以上这些主要适合配位水，不适合结晶水。结晶水处理要先手动加氢后，再进行上面的第3）步之后的动作。

另外，1）羟基连一个金属用HADD 8；2）连3个金属用hadd 1，而且连3个金属用hadd 1时，要把温度因子手动改为－1.5。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-03-28 08:59:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
本菜鸟也在学习水加H，现在的问题是给O原子上面弄两个H不是问题，关键是水存在的环境大多与氢键有关，如何给出合理的H位置，使其与周围的水或O、N、Cl等形成H键。不至于CHECKCIF出现一大堆A、B类错误。
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-28 09:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭