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lyl163com

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】游离水分子理论加氢的命令

本人刚刚学习单晶解析，对游离水加氢无从下手，尤其是理论加氢这一块！
希望能把详细一点的步骤说一下！比如都要写什么命令（越详细越好）！谢谢！
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1楼 2011-03-28 08:43:38
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lyl163com

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hardy2709 at 2011-03-28 08:59:15:
配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例.

1)     在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容

AFIX  93

H1WA  2  -0.57883  -0.15524  -0.09214  11.00000  -1.20000

H1WB  ...

在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢后不

用XL修正直接按原文件名保存，再从INS文件看所加氢的信息进行下面的步骤吗？
防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，是在什么时候加，在哪加？
本人比较菜，希望解答！谢谢！
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5楼2011-03-28 09:15:01
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sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)
lyl163com(金币+2): 2011-03-29 09:23:02
游离水的加氢，一般采用Q峰加氢
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2楼2011-03-28 08:52:18
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hardy2709

木虫 (小有名气)
lyl163com(金币+18): 2011-03-29 09:23:10
配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例.

1)     在XP中，用hadd o1w  9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容

AFIX  93

H1WA  2  -0.57883  -0.15524  -0.09214  11.00000  -1.20000

H1WB  2  -0.78158  -0.04092  -0.08415  11.00000  -1.20000

AFIX   0

2)     删除AFIX  93　和　AFIX   0

3)     把氢温度因子限制条件 -1.2 改为 -1.5

4)     增加下面限制条件

DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA

DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB

DFIX 1.34 0.02 H1WA H1WB

5)        为了防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，XL稳定后即可去掉再修正。


以上这些主要适合配位水，不适合结晶水。结晶水处理要先手动加氢后，再进行上面的第3）步之后的动作。

另外，1）羟基连一个金属用HADD 8；2）连3个金属用hadd 1，而且连3个金属用hadd 1时，要把温度因子手动改为－1.5。
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3楼2011-03-28 08:59:15
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
本菜鸟也在学习水加H，现在的问题是给O原子上面弄两个H不是问题，关键是水存在的环境大多与氢键有关，如何给出合理的H位置，使其与周围的水或O、N、Cl等形成H键。不至于CHECKCIF出现一大堆A、B类错误。
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4楼2011-03-28 09:09:40
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