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【求助】游离水分子理论加氢的命令
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本人刚刚学习单晶解析，对游离水加氢无从下手，尤其是理论加氢这一块！ 希望能把详细一点的步骤说一下！比如都要写什么命令（越详细越好）！谢谢！ |
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 如何创建氢键 | 淘帖 |
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2楼2011-03-28 08:52:18
lyl163com(金币+18): 2011-03-29 09:23:10
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配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例. 1) 在XP中，用hadd o1w 9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容 AFIX 93 H1WA 2 -0.57883 -0.15524 -0.09214 11.00000 -1.20000 H1WB 2 -0.78158 -0.04092 -0.08415 11.00000 -1.20000 AFIX 0 2) 删除AFIX 93 和 AFIX 0 3) 把氢温度因子限制条件 -1.2 改为 -1.5 4) 增加下面限制条件 DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB DFIX 1.34 0.02 H1WA H1WB 5) 为了防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，XL稳定后即可去掉再修正。 以上这些主要适合配位水，不适合结晶水。结晶水处理要先手动加氢后，再进行上面的第3）步之后的动作。 另外，1）羟基连一个金属用HADD 8；2）连3个金属用hadd 1，而且连3个金属用hadd 1时，要把温度因子手动改为－1.5。 |
3楼2011-03-28 08:59:15
4楼2011-03-28 09:09:40
5楼2011-03-28 09:15:01