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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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juz1696

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何将pi-pi stacking 数据转换为cif内容 已有5人参与

Cg•••Cg π stacking interaction

Cg(I) Res(I)  Cg(J)  [  ARU(J)]    Cg-Cg      Transformed J-Plane P, Q, R, S     Alpha   Beta   Gamma  CgI_Perp  CgJ_Perp  Slippage

Cg(1)  [ 1] -> Cg(1)  [  7556.01]  3.6867(10)  -0.7507 0.5175 -0.4106  -7.6880     0.00    29.02   29.02     3.224      3.224    1.789

[  7556] = 1/2-X,1/2-Y,1-Z
如上数据在cif文件中如何表述(table)?
急需!!!!谢谢!
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不常用。
一些投acta e的文章的cif文件中是有的。
到acta杂志网可以下载下来,仿之即可。
xi2004-emuch@163.com
3楼2011-03-28 07:58:43
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查看全部 9 个回答

stevenabing

至尊木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
http://journals.iucr.org/services/cif/extratables.html

Extra tables in CIF
•hydrogen-bonding tables
•extra tables
•contacts tables
Hydrogen-bonding tables
The following data names should be used.

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_D
_geom_hbond_site_symmetry_H
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag.




Extra tables
The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_tableA_col_4'
'_geom_extra_tableA_col_5'
'_geom_extra_tableA_col_6'
'_geom_extra_tableA_col_7'
'_geom_extra_tableA_col_8'
'_geom_extra_tableA_col_9'
'_geom_extra_tableA_col_10'  
'_geom_extra_tableA_col_11'
'_geom_extra_tableA_col_12'
'_geom_extra_tableA_col_13'  
'_geom_extra_tableA_col_14'   # up to 14 columns
'_geom_extra_table_head_A'    # for table heading
'_geom_table_headnote_A'      # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_A'      # for table fn if needed

# and for a second extra table in the same datablock:

'_geom_extra_tableB_col_1'
'_geom_extra_tableB_col_2'
'_geom_extra_tableB_col_3'
'_geom_extra_tableB_col_4'
'_geom_extra_tableB_col_5'
'_geom_extra_tableB_col_6'
'_geom_extra_tableB_col_7'
'_geom_extra_tableB_col_8'
'_geom_extra_tableB_col_9'
'_geom_extra_tableB_col_10'   # up to ten columns
'_geom_extra_table_head_B'    # for table heading
'_geom_table_headnote_B'      # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_B'      # for table fn if needed




For example, adding the following lines to the CIF generates an exta table (Table 1), which is shown below as it would appear in the html version of the published paper.



loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_table_head_A'
'_geom_table_footnote_A'

loop_
_geom_extra_tableA_col_1
_geom_extra_tableA_col_2
_geom_extra_tableA_col_3
L                   'Pd---P' 'Pd---Br'
'PTA^a^'             2.320(1) 2.427(1)
'PPh~2~(o-Cl-Ph)^b^' 2.350(2) 2.423(1)
'DDEP^c^'            2.325(3) 2.412(1)
'DPA^d^'             2.322(2) 2.447(1)
'ppq^e^'             2.318(1) 2.435(1)
'DMPP^f^'            2.319(2) 2.433(1)
?                   2.313(2) 2.435(1)
'PPh~3~^g^'          2.34(4)  2.42(4)
'P(o-Tol)~3~^h^'     2.370(1) 2.445(2)

_geom_extra_table_head_A
;
Comparative geometrical parameters (\%A) for selected
trans-[PdBr~2~(L)~2~] (L = tertiary phosphine ligand) complexes
;

_geom_table_footnote_A
;
Notes: (a) this work;
(b) Coalter et al. (2000);
(c) Ganguly et al. (1992) [DDEP is 2-(diphenylphosphino)ethanephosphonate];
(d) Podlahova et al. (1979) (DPA is diphenylphosphinoacetic acid);
(e) Sembiring et al. (1995) (ppq is p-quinonyldiphenylphosphine);
(f) Wilson et al. (1996) (DMPP is 1-phenyl-3,4-dimethylphosphole);
(g) Stark et al. (1997);
(h) Vicente et al. (1997).
;



Table 1
Comparative geometrical parameters (Å for selected trans-[PdBr2(L)2] (L = tertiary phosphine ligand) complexes


L  Pd-P  Pd-Br  
PTAa  2.320 (1)  2.427 (1)  
PPh2(o-Cl-Ph)b  2.350 (2)  2.423 (1)  
DDEPc  2.325 (3)  2.412 (1)  
DPAd  2.322 (2)  2.447 (1)  
ppqe  2.318 (1)  2.435 (1)  
DMPPf  2.319 (2)  2.433 (1)  
2.313 (2)  2.435 (1)  
PPh3g  2.34 (4)  2.42 (4)  
P(o-Tol)3h  2.370 (1)  2.445 (2)  
Notes: (a) this work; (b) Coalter et al. (2000); (c) Ganguly et al. (1992) [DDEP is 2-(diphenylphosphino)ethanephosphonate]; (d) Podlahova et al. (1979) (DPA is diphenylphosphinoacetic acid); (e) Sembiring et al. (1995) (ppq is p-quinonyldiphenylphosphine); (f) Wilson et al. (1996) (DMPP is 1-phenyl-3,4-dimethylphosphole); (g) Stark & Whitmore (1997); (h) Vicente et al. (1997).







Contacts tables
The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_contact_atom_site_label_1'
'_geom_contact_atom_site_label_2'
'_geom_contact_distance'
'_geom_contact_site_symmetry_1'
'_geom_contact_site_symmetry_2'
'_geom_contact_publ_flag'

loop_
_geom_contact_atom_site_label_1
_geom_contact_atom_site_label_2
_geom_contact_distance
_geom_contact_site_symmetry_1
_geom_contact_site_symmetry_2
_geom_contact_publ_flag
5楼2011-03-28 08:20:29
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风采依旧135

新虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by stevenabing at 2011-03-28 08:20:29:
http://journals.iucr.org/services/cif/extratables.html

Extra tables in CIF
•hydrogen-bonding tables
•extra tables
•contacts tables
Hydrogen-bonding tables
...

但是怎么写入cif中啊?不会是直接输入进去吧?
风采依旧!!!
7楼2011-04-15 22:45:29
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
就是直接写进去的!!!
8楼2011-04-16 07:19:32
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