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tjuZidan

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】abinit 6.6.1 make 时出错

gcc 4.5.2, ifort 10.1, 错误信息：

aliasing=2 -O2 -mtune=native -march=native -mfpmath=sse -o libnetcdff90.la typeSizes.lo netcdf.lo
libtool: link: ar cru .libs/libnetcdff90.a typeSizes.o netcdf.o
libtool: link: ranlib .libs/libnetcdff90.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libnetcdff90.la" && ln -s "../libnetcdff90.la" "libnetcdff90.la" )
make[8]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/f90'
make[7]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/f90'
Making all in fortran
make[7]: Entering directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/fortran'
echo '! NetCDF-3.' > netcdf.inc
cat ../fortran/netcdf3.inc >> netcdf.inc
make all-am
make[8]: Entering directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/fortran'
depbase=`echo fort-attio.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\
/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile /vol5/home/simg/software/local/gcc-4.5.2/bin/gcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../libsrc -DNDEBUG -DpgiFortran -g -O2 -mtune=native -march=native -mfpmath=sse -MT fort-attio.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o fort-attio.lo fort-attio.c &&\
mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo
libtool: compile: /vol5/home/simg/software/local/gcc-4.5.2/bin/gcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../libsrc -DNDEBUG -DpgiFortran -g -O2 -mtune=native -march=native -mfpmath=sse -MT fort-attio.lo -MD -MP -MF .deps/fort-attio.Tpo -c fort-attio.c -o fort-attio.o
In file included from fort-attio.c:7:0:
ncfortran.h:26:42: Fatal error：NF_INT_IS_C_... not defined：no such file or directory
compilling interrupted。
make[8]: *** [fort-attio.lo] error 1
make[8]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/fortran'
make[7]: *** [all] error 2
make[7]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1/fortran'
make[6]: *** [all-recursive] error 1
make[6]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1'
make[5]: *** [all] error 2
make[5]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf/netcdf-4.1.1'
make[4]: *** [build-stamp] error 2
make[4]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf'
make[3]: *** [package-ready] error 2
make[3]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins/netcdf'
make[2]: *** [all-recursive] error 1
make[2]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1/plugins'
make[1]: *** [all-recursive] error 1
make[1]: Leaving directory `/vol5/home/simg/software/abinit-6.6.1'
make: *** [all] error 2

附件：config.log

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1楼 2011-03-23 11:44:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

tjuZidan(金币+1): 谢谢，我能看见这里有错误，但是怎么做才可以正确编译，我单独安装netcdf就没问题，abinit自动安装的时候就会有这个错误 2011-03-24 10:39:00

ncfortran.h:26:42: Fatal error：NF_INT_IS_C_... not defined：no such file or directory

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2楼2011-03-23 16:41:20

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tjuZidan

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
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帖子: 110
在线: 157.5小时
虫号: 981841

★
sunyang1988(金币+1): 呵呵，共享一下吧 2011-04-26 09:35:56

已经解决了，去abinit论坛求助解决的，是源代码的小bug，需要在编译的时候加一句

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3楼2011-04-26 09:30:31

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xianxianlu

铜虫 (小有名气)

1ST强帖: 1
应助: 4 (幼儿园)
金币: 220.9
帖子: 91
在线: 66.9小时
虫号: 284434

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-04-29 18:23:49

你是用gcc编译的？
这里有用Intel编译器编译好的，而且是并行版本，计算速度很快，你可以下载下来试试。
http://blog.sina.com.cn/chemsoft

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4楼2011-04-29 13:54:07

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guodp

银虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 360.9
帖子: 827
在线: 435.7小时
虫号: 273740

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖

我用的是pgi的编译器，请问遇到这个问题如何解决？
pgi7.1-4
netcdf-3.6.3

赞一下

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5楼2012-02-26 17:25:07

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souledge

专家顾问 (著名写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

5楼: Originally posted by guodp at 2012-02-26 17:25:07:
我用的是pgi的编译器，请问遇到这个问题如何解决？
pgi7.1-4
netcdf-3.6.3

官方说过，PGI的BUG在Abinit上有点多，所以根本官方就不管与PGI的兼容性，于是各种编译不成功是正常的……
用Abinit的还是尽量用官方测试过的编译器编译吧：Released Jan 31, 2012 — tested with OpenMPI, MPICH2, ATLAS, GotoBlas2, CUDA, Magma, gfortran, ifort, xlf, PathScale, open64, g95

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6楼2012-02-26 18:08:23

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