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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】几何优化问题
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】几何优化问题

我是新手，请大家多多指教。请问，在最初要几何优化的时候要注意设置哪些参数呢？做了一些联系，小的体系还可以，可以优化，大的体系，原子数稍多一些的时候通常算算就失败了，不清楚是什么原因，要在哪里修以改正呢？
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1楼 2011-03-07 16:00:39
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-03-09 17:08:06
李佳佳佳(金币+1): 2011-03-14 09:45:11
你机器配置如何，可能大体系内存不足
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2楼2011-03-07 16:56:27
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剑魄诗魂

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励讨论 2011-03-07 22:16:07
使用的哪个版块啊？失败了就打开“.outmol”文件看看吧，一般在最低下会有解释为什么失败的。我用DMol3，碰到过无法收敛、超过计算步长、gateway失效等问题，不知道你这是哪种
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3楼2011-03-07 17:38:36
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-07 16:00:39:
我是新手，请大家多多指教。请问，在最初要几何优化的时候要注意设置哪些参数呢？做了一些联系，小的体系还可以，可以优化，大的体系，原子数稍多一些的时候通常算算就失败了，不清楚是什么原因，要在哪里修以改正 ...

机器是12G。硬盘是1.5T的，算的体系在150个原子左右吧。一般就是刚算没多久就显示失败了、
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4楼2011-03-09 13:58:04
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-03-10 11:29:48
李佳佳佳(金币+1): 2011-03-14 09:44:46
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-09 13:58:04:
机器是12G。硬盘是1.5T的，算的体系在150个原子左右吧。一般就是刚算没多久就显示失败了、

精度什么的如何，感觉机器应该没有多大问题
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5楼2011-03-09 16:24:51
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结问题，呵呵 2011-03-09 20:32:37
李佳佳佳(金币+3): 2011-03-14 09:44:35
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-09 13:58:04:
机器是12G。硬盘是1.5T的，算的体系在150个原子左右吧。一般就是刚算没多久就显示失败了、

问题一：使用了多少个核心～
问题二：取了多少个K点～
问题三：选择了多大的截断能～
问题四：设置了何种精度的FFT网格～
问题五：用了多少种元素～
问题六：castep文件的最后报错是什么……
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6楼2011-03-09 17:52:42
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-03-09 17:52:42:
问题一：使用了多少个核心～
问题二：取了多少个K点～
问题三：选择了多大的截断能～
问题四：设置了何种精度的FFT网格～
问题五：用了多少种元素～
问题六：castep文件的最后报错是什么……

截断能取了310的。K点选的是G点的（1*1*1）的。精度选的是默认的，用了一种元素，最后报的错误是显示在读取时出错。请问，精度和K点值要怎么选啊，这个概念还不是很清楚，有什么好的书，关于MS的，初学者适用的吗？
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7楼2011-03-10 11:02:13
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-03-09 16:24:51:
精度什么的如何，感觉机器应该没有多大问题

精度选的默认的，要怎么设置啊，里面细节的东西不太清楚，也没有人教我 ，都是自己学习的，希望能多多指教。
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8楼2011-03-10 11:02:59
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 剑魄诗魂 at 2011-03-07 17:38:36:
使用的哪个版块啊？失败了就打开“.outmol”文件看看吧，一般在最低下会有解释为什么失败的。我用DMol3，碰到过无法收敛、超过计算步长、gateway失效等问题，不知道你这是哪种

我的有时也显示GATEway失效，要怎么办啊？用的是CASTEP。刚学，细节东西还不是很清楚。还有收敛性曲线，证明收敛了是什么样子的啊？计算步长要在哪设置啊？谢谢了，希望您能帮助我。
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9楼2011-03-10 11:05:02
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-03-11 07:47:38
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-10 11:02:13:
截断能取了310的。K点选的是G点的（1*1*1）的。精度选的是默认的，用了一种元素，最后报的错误是显示在读取时出错。请问，精度和K点值要怎么选啊，这个概念还不是很清楚，有什么好的书，关于MS的，初学者适用的 ...

那个，直接把castep文件的报错贴上来吧……
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10楼2011-03-10 22:24:04
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jinzhulin000

金虫 (小有名气)
youzhizhe: 多看看文章，对应调整一下相应参数就好了。 2011-03-14 15:21:22
学习学习，我也遇见过计算大体系就失败的时候，只能计算一些简单的几个原子的体系，唉，···
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11楼2011-03-11 08:27:53
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wangziyan3

金虫 (小有名气)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-12 10:57:37
我8G的算64原子的都算不了，最好还是有个远程计算平台或者学校自己有计算集群
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12楼2011-03-11 11:21:33
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangziyan3 at 2011-03-11 11:21:33:
我8G的算64原子的都算不了，最好还是有个远程计算平台或者学校自己有计算集群

你的算不了是怎么提示的啊？呵呵~那一百多个原子要多少个核才能算呢？
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13楼2011-03-12 09:00:21
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jinzhulin000 at 2011-03-11 08:27:53:
学习学习，我也遇见过计算大体系就失败的时候，只能计算一些简单的几个原子的体系，唉，···

恩 呵呵 ，学习学习，期待高手指点
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14楼2011-03-12 09:00:57
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-03-10 22:24:04:
那个，直接把castep文件的报错贴上来吧……

he memory required for this calculation exceeds machine capacity.

           Unable to continue. Run will be ABORTED.

    Suggestions:
      Check the run setup is reasonable; in particular cell dimensions,
      number of atoms, plane wave cutoff all affect memory consumption.

      Investigate the parameters "opt_strategy"/"opt_strategy_bias" and
      "page_wvfns" which may be used to reduce memory requirements.

      If the calculation is being run on a distributed memory computer
      consider increasing the number of processors.

      It may be necessary to run this calculation on another computer
      with more RAM or upgrade the physical RAM on the current system.
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15楼2011-03-14 12:57:07
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+1): 鼓励交流。 2011-03-14 15:22:02
引用回帖:
memory required for this calculation exceeds machine capacity.

计算需要的内存超出了系统所有的……
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16楼2011-03-14 15:17:14
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-03-14 15:17:14:
计算需要的内存超出了系统所有的……

哎，可是我才算了不到100个原子呀。
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17楼2011-03-14 15:48:11
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-14 15:48:11:
哎，可是我才算了不到100个原子呀。

内存需求不只是原子数目的问题，还和计算参数设置有关，比如你的截断能、k点设置等等，要在计算精度和计算量上取得一个平衡。
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18楼2011-03-14 16:08:46
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-14 15:48:11:
哎，可是我才算了不到100个原子呀。

另外一点，可升级计算机的配置，如果手头有预算的话。
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19楼2011-03-14 16:09:40
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-03-14 18:17:08
引用回帖:
Originally posted by 李佳佳佳 at 2011-03-14 15:48:11:
哎，可是我才算了不到100个原子呀。

那就要看你的计算参数，以及是要算什么了，比如算声子，就极端耗内存和时间~
不提供完整的信息，我们也只能给你猜了~
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20楼2011-03-14 18:06:51
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-03-14 18:06:51:
那就要看你的计算参数，以及是要算什么了，比如算声子，就极端耗内存和时间~
不提供完整的信息，我们也只能给你猜了~

呵呵，好的，非常感谢啦~
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21楼2011-03-14 20:06:41
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adai3079661

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也想知道你的问题。观望中。。。。。
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22楼2011-03-14 21:02:58
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-19 22:28:22
引用回帖:
Originally posted by adai3079661 at 2011-03-14 21:02:58:
我也想知道你的问题。观望中。。。。。

我发现下面会给出简单的提示，一般也有可是能SCF值设置的有点小。我昨天的就是，优化了一天多，失败了，显示的是SCF的问题。我打算调大点试下。你的怎么了？
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23楼2011-03-16 08:35:08
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尹珺加油

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-19 22:28:31
我还遇见过优化时出现能量上升的情况，初学呀，我也不懂的。
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24楼2011-03-18 20:52:43
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-03-18 22:29:50
内存不足，这个如果用PC机算的话，很正常，
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25楼2011-03-18 22:19:48
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2011-03-18 22:19:48:
内存不足，这个如果用PC机算的话，很正常，

我的是６合的，１２Ｇ的ＣＰＵ，１。５Ｔ的硬盘，大概能算多少原子阿？
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26楼2011-03-19 21:30:38
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