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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Amber中可不可以计算体系的绝对自由能？
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voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Amber中可不可以计算体系的绝对自由能？

不是结合自由能，而是绝对自由能

就像量子化学软件计算的自由能一样


例如要计算药物分子的绝对自由能随时间的变化，可不可以？
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1楼 2011-03-07 15:08:11
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manutdhk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by voleyes at 2011-03-07 15:08:11:
不是结合自由能，而是绝对自由能

就像量子化学软件计算的自由能一样


例如要计算药物分子的绝对自由能随时间的变化，可不可以？

什么是绝对自由能？
自由能还能随时间变化的吗？
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2楼2011-03-07 16:17:42
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voleyes

银虫 (正式写手)
例如整个蛋白质在溶剂中的自由能
截取轨迹上的点 来计算
就是随轨迹变化
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3楼2011-03-08 13:43:30
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