应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Turbomole/ORCA » 【求助】用Orca计算一个片簇的单点能，不收敛。
81/1返回列表
查看: 3265  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【求助】用Orca计算一个片簇的单点能，不收敛。

用Orca计算一个片簇的单点能，怎么算都不收敛，之前也算过其他的片簇，一般20次迭代就可以收敛了，这次计算的这个算了125次都不收敛，dE发生振荡。
用的是ubuntu 10.04+orca 2.8
计算输入文件如下：

! ECP{LANLDZ=Zn}
! UKS B3LYP/G 6-31G TightSCF Grid4 SP DFT
! PAL4
* xyz 0 1
C     14.7569      6.7818      3.1858
H     14.913       6.0981      3.7958
N     15.4572      7.9572      3.1056
C     14.7569     10.2092     13.8052
H     14.913      10.8929     13.1952
N     15.4572      9.0338     13.8854
C     13.8052      2.2341      6.7818
H     13.1952      2.0780      6.0981
N     13.8854      1.5338      7.9572
C     13.8052     14.7569     10.2092
H     13.1952     14.913      10.8929
N     13.8854     15.4572      9.0338
C     15.2773     11.6813      6.2614
H     14.5936     12.2913      6.4175
N     16.4527     11.6011      6.9617
C     15.2773      5.3097     10.7296
H     14.5936      4.6997     10.5735
N     16.4527      5.3899     10.0293
C     15.2773      6.2614     11.6813
H     14.5936      6.4175     12.2913
N     16.4527      6.9617     11.6011
H     15.6351      9.1972      9.7579
H     14.9045     10.0961     10.8131
H     15.2256     10.6636      9.3875
C     15.2773     10.7296      5.3097
H     14.5936     10.5735      4.6997
N     16.4527     10.0293      5.3899
H     15.6351      7.7938      7.2331
H     14.9045      6.8949      6.1779
H     15.2256      6.3274      7.6035
C     14.7569      3.1858      6.7818
H     14.913       3.7958      6.0981
H     16.2893      1.2624      9.8514
H     15.3904      2.3176     10.582
H     14.8229      0.8920     10.2609
N     15.4572      3.1056      7.9572
C     14.7569     13.8052     10.2092
H     14.913      13.1952     10.8929
H     16.2893     15.7286      7.1396
H     15.3904     14.6734      6.4090
H     14.8229     16.099      6.7301
N     15.4572     13.8854      9.0338
C     13.8052      6.7818      2.2341
H     13.1952      6.0981      2.0780
H     15.7286      9.8514      0.7017
H     14.6734     10.582      1.6006
H     16.099     10.2609      2.1681
N     13.8854      7.9572      1.5338
C     13.8052     10.2092     14.7569
H     13.1952     10.8929     14.913
H     15.7286      7.1396     16.2893
H     14.6734      6.4090     15.3904
H     16.099       6.7301     14.8229
N     13.8854      9.0338     15.4572
C     14.902       8.6297      2.0890
C     15.3955      9.9482      1.5955
C     14.902       8.3613     14.902
C     15.3955      7.0428     15.3955
C     14.902       2.0890      8.6297
C     15.3955      1.5955      9.9482
C     14.902      14.902       8.3613
C     15.3955     15.3955      7.0428
C     16.8568     10.5845     10.5845
C     15.5383     10.091      10.091
C     16.8568      6.4065      6.4065
C     15.5383      6.9000      6.9000
C     19.2251     10.2092      3.1858
H     19.069      10.8929      3.7958
N     18.5248      9.0338      3.1056
C     19.2251      6.7818     13.8052
H     19.069      6.0981     13.1952
N     18.5248      7.9572     13.8854
C     20.1768     14.7569      6.7818
H     20.7868     14.913      6.0981
N     20.0966     15.4572      7.9572
C     20.1768      2.2341     10.2092
H     20.7868      2.0780     10.8929
N     20.0966      1.5338      9.0338
C     18.7047     11.6813     10.7296
H     19.3884     12.2913     10.5735
N     17.5293     11.6011     10.0293
C     18.7047      5.3097      6.2614
H     19.3884      4.6997      6.4175
N     17.5293      5.3899      6.9617
H     18.3469      7.7938      9.7579
H     19.0775      6.8949     10.8131
H     18.7564      6.3274      9.3875
C     18.7047     10.7296     11.6813
H     19.3884     10.5735     12.2913
N     17.5293     10.0293     11.6011
H     18.3469      9.1972      7.2331
H     19.0775     10.0961      6.1779
H     18.7564     10.6636      7.6035
C     18.7047      6.2614      5.3097
H     19.3884      6.4175      4.6997
N     17.5293      6.9617      5.3899
C     19.2251      3.1858     10.2092
H     19.069       3.7958     10.8929
H     17.6927      1.2624      7.1396
H     18.5916      2.3176      6.4090
H     19.1591      0.8920      6.7301
N     18.5248      3.1056      9.0338
C     19.2251     13.8052      6.7818
H     19.069      13.1952      6.0981
H     17.6927     15.7286      9.8514
H     18.5916     14.6734     10.582
H     19.1591     16.099      10.2609
N     18.5248     13.8854      7.9572
C     20.1768      6.7818     14.7569
H     20.7868      6.0981     14.913
H     18.2534      9.8514     16.2893
H     19.3086      10.582     15.3904
H     17.883      10.2609     14.8229
N     20.0966      7.9572     15.4572
C     20.1768     10.2092      2.2341
H     20.7868     10.8929      2.0780
H     18.2534      7.1396      0.7017
H     19.3086      6.4090      1.6006
H     17.883       6.7301      2.1681
N     20.0966      9.0338      1.5338
C     19.08        8.3613      2.0890
C     18.5865      7.0428      1.5955
C     19.08        8.6297     14.902
C     18.5865      9.9482     15.3955
C     19.08       14.902       8.6297
C     18.5865     15.3955      9.9482
C     19.08        2.0890      8.3613
C     18.5865      1.5955      7.0428
C     17.1252     10.5845      6.4065
C     18.4437     10.091       6.9000
C     17.1252      6.4065     10.5845
C     18.4437      6.9000     10.091
Zn     16.991     12.7432      8.4955
Zn     16.991      4.2477      8.4955
Zn     16.991      8.4955     12.7432
Zn     16.991      8.4955      4.2477
H     13.3084     16.2196      8.7409
H     20.6736     16.2196      8.2501
H     13.3084      8.7409     16.2196
H     20.6736      8.7409      0.7714
H     13.3084      8.2501      0.7714
H     20.6736      0.7714      8.7409
H     20.6736      8.2501     16.2196
H     13.3084      0.7714      8.2501
*
片簇结构如下：


[ Last edited by ghcacj on 2011-3-2 at 16:05 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-02 16:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
我想请教下各位，单点能计算不能收敛，有哪些常用的解决办法？比如Opt？还是调整片簇的切割方法？还是增大基组？
赞一下 回复此楼
2楼2011-03-02 16:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-03 13:59:08
据我所知orca默认是开启RI近似的。但是6-31G这种基组没有辅助基组，所以应该关闭RI近似
%method
RI off
end
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-02 17:29:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2011-03-02 17:29:36:
据我所知orca默认是开启RI近似的。但是6-31G这种基组没有辅助基组，所以应该关闭RI近似
%method
RI off
end

按照你的设置，基组也改为6-31G*，但是还是不行，有没有更好的建议？
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-03 13:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-03 20:14:38
我看了一下你的结构，Zn应该都是Zn2+离子吧？中间作为桥的四个配体每个少一个H是-1价，那么总体电荷应该是+4？楼主认为呢？

电荷和多重度是很重要的，一定要设置正确，不然即使收敛了得到的也不是正确结果。
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-03 17:50:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2011-03-03 17:50:42:
我看了一下你的结构，Zn应该都是Zn2+离子吧？中间作为桥的四个配体每个少一个H是-1价，那么总体电荷应该是+4？楼主认为呢？

电荷和多重度是很重要的，一定要设置正确，不然即使收敛了得到的也不是正确结果。

麻烦帮我看看呢，量子化学方面我是入门选手。
我的结构是一个Zn作为节点，连接四个甲基咪唑，形成一种类似于沸石中Si-O西面体的结果，为了计算电荷，按照文献的方法，截取出这样的一个片段进行量化计算，因为是截取的片段，因此终端需要挂载一定的原子来补充，之前碰到的结果都是末端原本连接一个C原子，所以填上一个甲基，现在末端应该连接Zn，末端采用H作为补充不知道是否合适，但是看到文献里有这么做，没想到怎么计算都不收敛，按理说总体电荷应该为0，多重度为1，可是就是不行，正在尝试是否是开壳层导致的，有的人建议将同样的结构先用闭壳层计算，然后拿这个结果作为intial guess进行开壳层计算，但是结果还没出来。祈祷了。
谢谢你的关注。

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-3 at 20:21 ]
赞一下 回复此楼
6楼2011-03-03 20:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
ghcacj(金币+12): 谢谢 2011-03-04 10:13:27
就你的结构来说，我认为电荷是4，闭壳层，所以输入文件写*xyz 4 1。

把C换成甲基是可以的，但是在N上添加H会影响整体的电荷。
赞一下 回复此楼
7楼2011-03-04 00:33:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2011-03-04 00:33:15:
就你的结构来说，我认为电荷是4，闭壳层，所以输入文件写*xyz 4 1。

把C换成甲基是可以的，但是在N上添加H会影响整体的电荷。

不得不说，你的判断非常正确，认真分析了我要计算的结构之后，修改计算文件，真的很快就收敛了，13次循环，非常感谢。
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-04 10:13:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ghcacj 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭