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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】构建水-磷脂膜-水环境模型
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xiaowuxian

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】构建水-磷脂膜-水环境模型 已有7人参与

如何用amber构建水-磷脂膜-水的环境模型，请高手指点下，谢了
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1楼 2011-03-01 14:46:16
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1dubo

银虫 (小有名气)
★ ★
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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-07 17:44:35
这个问题研究的人很多，你去ACS上搜搜吧，应该有一大推
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2楼2011-03-03 21:09:13
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by xiaowuxian at 2011-03-01 14:46:16:
如何用amber构建水-磷脂膜-水的环境模型，请高手指点下，谢了

看你要建哪一个磷脂膜，有的可以下载到现成的
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科研就是讨论出来的
3楼2011-03-05 09:49:29
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
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Originally posted by 1dubo at 2011-03-03 21:09:13:
这个问题研究的人很多，你去ACS上搜搜吧，应该有一大推

我也正为构建这样一个初始态发愁，只不过，我的磷脂分子是在水盒子中随机分布的，但水盒子四周都是水分子层，这样的盒子构建，有什么建议？
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Betterlatethannever!
4楼2011-03-11 09:58:57
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-14 22:26:00
请用packmol构造，谁用谁知道
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
5楼2011-03-11 23:21:38
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Youngchsh

木虫 (正式写手)

Gerrard
好像看见过相关教程
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原来木虫还挺有意思的
6楼2011-03-12 14:59:21
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xiaowuxian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2011-03-05 09:49:29:
看你要建哪一个磷脂膜，有的可以下载到现成的

就是POPG膜，要到哪里下载呢？
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7楼2011-03-15 15:15:45
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★ ★
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-15 22:26:56
引用回帖:
Originally posted by xiaowuxian at 2011-03-15 15:15:45:
就是POPG膜，要到哪里下载呢？

http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#org你看看这个网站吧
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科研就是讨论出来的
8楼2011-03-15 17:42:59
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xiaowuxian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2011-03-11 23:21:38:
请用packmol构造，谁用谁知道

packmol我下下来了，安装的时候也没出现错误提示，但就是运行不了，为甚么啊？
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9楼2011-04-07 16:23:25
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kzheng07

铁杆木虫 (著名写手)

无名氏
也关注一下
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闲庭信步，看花开花落；宠辱不惊，任云卷云舒。
10楼2011-07-17 09:48:30
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