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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp的编译及运行效率问题
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cqb3172

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】vasp的编译及运行效率问题 已有7人参与

新配的cpu为xeon E5620的服务器
双cpu，每个cpu4核可以8个线程。

软件环境：全为最新版的免费非商业intel fortran编译器和mkl，并行使用openmpi 1.43

现在的问题是，我编译后，单机并行测试同一批作业

采用mpirun -np 8， 某个作业计算时间为7分多钟
但采用mpirun -np 16的话，其计算时间竟然为14分钟。
目前正在测试mpirun -np 4的计算所需时间

问题：
mpirun时，对于每一台server，np的最大值到底为哪个？
cpu数量*core的数量？也就是8
cpu数量*线程数量？也就是16

另外machinefile里面应该写slots=多少？

还有就是根据以上情况，是否也有可能是我编译或者设置哪里有问题？
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1楼 2011-03-01 13:13:23
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
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bingmou(金币+1): 感谢回答 2011-03-01 14:55:18
建议关闭超线程，应该是超线程技术做的怪，开机BIOS里修改关闭超线程
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2011-03-01 14:10:01
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cqb3172

铁虫 (初入文坛)
多谢建议！我会设置看看

另外mpirun -np 4的结果也已经出来，时间竟然仅为5分钟

火大了，头晕了，豁出去了，立马开始mpirun -np 1和mpirun -np 2测试
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3楼2011-03-01 14:28:54
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1): 感谢交流 2011-03-01 14:55:36
环境变量加上
export OMP_NUM_THREADS=1
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4楼2011-03-01 14:42:53
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cqb3172

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2011-03-01 14:42:53:
环境变量加上
export OMP_NUM_THREADS=1

这个加了
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5楼2011-03-01 14:55:16
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，我下载的非商业intel fortran编译器在安装过程中需要上网得到安装密码，但取得密码后却提示密码不正确，这是咋回事儿？你遇到过吗？
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版权乜有，盗用不究！
6楼2011-03-01 14:56:00
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cqb3172

铁虫 (初入文坛)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢提供方法 2011-03-01 15:53:57
引用回帖:
Originally posted by lzl8181 at 2011-03-01 14:56:00:
楼主，我下载的非商业intel fortran编译器在安装过程中需要上网得到安装密码，但取得密码后却提示密码不正确，这是咋回事儿？你遇到过吗？

没碰到你这情况

流程：
1，你填写邮箱下载时，会给你个序列号，同时会email给你一个license文件。
2，安装时，激活有两个办法：
a，用序列号在它提示的网站得到解锁码；
b，直接把license文件的完整路径填上去。
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7楼2011-03-01 15:20:43
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wyxhenu

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by cqb3172 at 2011-03-01 13:13:23:
新配的cpu为xeon E5620的服务器
双cpu，每个cpu4核可以8个线程。

软件环境：全为最新版的免费非商业intel fortran编译器和mkl，并行使用openmpi 1.43

现在的问题是，我编译后，单机并行测试同一批作业

...

我编译VASP也是遇到了同样的问题，曙光的机器。
目前在千兆网络下似乎不太可能并行效率很高，除非采用万兆。

同一个节点上的并行效率可以材料share memory 解决，这样效率会高点。
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8楼2011-03-01 17:35:57
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cqb3172

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wyxhenu at 2011-03-01 17:35:57:
我编译VASP也是遇到了同样的问题，曙光的机器。
目前在千兆网络下似乎不太可能并行效率很高，除非采用万兆。

同一个节点上的并行效率可以材料share memory 解决，这样效率会高点。

你好，请问能否详细说明下”share memory“呢？将非常感谢……
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9楼2011-03-01 18:00:31
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wyxhenu

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by wyxhenu at 2011-03-01 17:35:57:
我编译VASP也是遇到了同样的问题，曙光的机器。
目前在千兆网络下似乎不太可能并行效率很高，除非采用万兆。

同一个节点上的并行效率可以材料share memory 解决，这样效率会高点。

在编译并行的f90的时候  加上的这个参数

当时是曙光的工程师作的
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10楼2011-03-02 11:21:34
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