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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】g_bond中的blen和tol啥意思
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】g_bond中的blen和tol啥意思

最近一直在研究gromacs中g_bond命令，发现里面有两个选择-blen和-tol，但是在help中说blen为键长，默认的味第一个键的长度（），但是我不理解的是，既然是键长，那默认的-1不是负值吗？键长怎么会是负数呢？还有blen和tol这两个选项之间有什么关系吗？希望各位高手能够在百忙之中指点一二，谢谢
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1楼 2011-02-27 10:17:01
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 1dubo at 2011-03-03 21:07:14:
blen键长为键长。tol为半峰宽

一般你设置blen为平衡键长就可以了。
tol的作用如下：
g_bond扫描的范围为【tol-tol*blen , tol+tol*blen】

奥 这个样子啊，明白了 谢谢你
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3楼2011-03-06 17:12:12
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1dubo

银虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-04 10:25:31
memgr(金币+10): 2011-03-06 17:15:08
blen键长为键长。tol为半峰宽

一般你设置blen为平衡键长就可以了。
tol的作用如下：
g_bond扫描的范围为【tol-tol*blen , tol+tol*blen】
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-03 21:07:14
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