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memgr

铜虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】g_bond中的blen和tol啥意思

最近一直在研究gromacs中g_bond命令,发现里面有两个选择-blen和-tol,但是在help中说blen为键长,默认的味第一个键的长度(),但是我不理解的是,既然是键长,那默认的-1不是负值吗?键长怎么会是负数呢?还有blen和tol这两个选项之间有什么关系吗?希望各位高手能够在百忙之中指点一二,谢谢
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1dubo

银虫 (小有名气)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-04 10:25:31
memgr(金币+10): 2011-03-06 17:15:08
blen键长为键长。tol为半峰宽

一般你设置blen为平衡键长就可以了。
tol的作用如下:
g_bond扫描的范围为【tol-tol*blen , tol+tol*blen】
2楼2011-03-03 21:07:14
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memgr

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 1dubo at 2011-03-03 21:07:14:
blen键长为键长。tol为半峰宽

一般你设置blen为平衡键长就可以了。
tol的作用如下:
g_bond扫描的范围为【tol-tol*blen , tol+tol*blen】

奥 这个样子啊,明白了 谢谢你
3楼2011-03-06 17:12:12
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