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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】呼叫zhangguangping...关于态密度的计算
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】呼叫zhangguangping...关于态密度的计算

相比较，吸附前与吸附后被吸附分子的态密度
到底应该怎么做才是正确的，我试过两种
1 把吸附后的整个体系，以及被吸附的分子，比如将吸附H2后的Pt，H2分子，Pt 三者放在一个巨大的盒子里， 距离达到这三者没有相互的关系。然后将费米能级平移到零点。画出态密度。结果跟将H2单独放在一个盒子里不一样。我认为将费米能级平移到零点后，这两个图形会重合，但是没有。虽然图形是一样，但是还要移动一段距离才能重合。
2 将H2， Pt， Pt-H2， 各自放到自己盒子里算，不知道如何判断其正确性
3 想知道siesta 如何计算的费米能级，是不是 E_f = 1/2 （E_homo - E_lumo）
4 这个态密度到底该如何比较才好呢
求解答，如果哪里有描述的不清楚，请大家指出，马上 改正
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1楼 2011-02-21 17:28:21
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988(金币+5): 张兄辛苦了 2011-02-22 21:14:50
minmin_0082003(金币+10): 我电荷已经纠结完了，第一二 三四条都在纠结态密度如何将费米能级平移到零点...555 2011-02-23 08:55:34
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-21 09:28:21:
相比较，吸附前与吸附后被吸附分子的态密度
到底应该怎么做才是正确的，我试过两种
1 把吸附后的整个体系，以及被吸附的分子，比如将吸附H2后的Pt，H2分子，Pt 三者放在一个巨大的盒子里， 距离达到这三者没有相 ...

我又不是水区的神兽——“于嫣然”。你呼叫我没有用。我一直上着小木虫还真没注意你这个帖子。因为我不像于嫣然那样对自己的名字很敏感。
关于问题：首先声明，我之前没做过，也不是内行，只是自己的一个猜想。不对的大家一起来拍砖，最终把这个问题给minmin解决了。

相比较，吸附前与吸附后被吸附分子的态密度
到底应该怎么做才是正确的，我试过两种
>1 把吸附后的整个体系，以及被吸附的分子，比如将吸附H2后的Pt，H2分子，>Pt 三者放在一个巨大的盒子里， 距离达到这三者没有相互的关系。然后将费
>米能级平移到零点。画出态密度。结果跟将H2单独放在一个盒子里不一样。我>认为将费米能级平移到零点后，这两个图形会重合，但是没有。虽然图形是一>样，但是还要移动一段距离才能重合。
首先，你的计算结果没有错。两次计算的能量的零点是不一样的。所以会出现你的这个问题。但是图形一样，再次说明计算结果是没有问题的。
这个问题参看这个帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2506450&fpage=1
>2 将H2， Pt， Pt-H2， 各自放到自己盒子里算，不知道如何判断其正确性
我的建议是你去算的时候选择的supercell足够大，直接按照pt-H2的盒子，对三个体系做计算。当然前后的坐标没有变化最好了。然后后面的电荷空间分布分析的时候，采用的个点一模一样。这样就能得到三套cube文件。对这三个cube文件，根据你的分析的要求，进行对应的格点做差或者做和。这就是你的事了。
>3 想知道siesta 如何计算的费米能级，是不是 E_f = 1/2 （E_homo - E_lumo）
代码里面确实是这样计算的。只不过是一个逐渐逼近的过程。最后E_f定在占据率为1/2的地方。
>4 这个态密度到底该如何比较才好呢
求解答，如果哪里有描述的不清楚，请大家指出，马上 改正
怎么又蹦出一个态密度来了呢？你的目的不是分析空间电荷的前后分布变化吗？
态密度的分析方法，你可以根据你的要求做相应的分析啊。
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2楼2011-02-22 20:53:21
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
zzy870720z: 如果问题解决，请帮忙把标题求助修改为求助成功。谢谢合作 2011-02-23 10:08:20
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-22 12:53:21:
我又不是水区的神兽——“于嫣然”。你呼叫我没有用。我一直上着小木虫还真没注意你这个帖子。因为我不像于嫣然那样对自己的名字很敏感。
关于问题：首先声明，我之前没做过，也不是内行，只是自己的一个猜想 ...

灰常感谢
其实我纠结的不过是如何将费米能级平移到零点
因为我将PDOS的横坐标 减去 E_Fermi 之后 发现好像是不准确的。
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3楼2011-02-23 09:10:14
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢解释 2011-02-23 10:08:33
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 01:10:14:
灰常感谢
其实我纠结的不过是如何将费米能级平移到零点
因为我将PDOS的横坐标 减去 E_Fermi 之后 发现好像是不准确的。

你的电荷密度的计算，是不是按照咱们的讨论，能得到你满意的结果？
费米能级的平移问题原因就是两个计算中能量零点的选取不一样！
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4楼2011-02-23 10:05:16
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 02:05:16:
你的电荷密度的计算，是不是按照咱们的讨论，能得到你满意的结果？
费米能级的平移问题原因就是两个计算中能量零点的选取不一样！

电荷密度，我要再试试，我是将RHO文件相加减，cube还在算，看看两者作图结果是不是一样

能量零点不一样？他们费米能级不一样，能量零点不一样，但是我都分别将费米能级平移到零点了， 这样相比较的如果不对的话，到底该怎么平移呢
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5楼2011-02-23 12:47:24
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-02-24 09:19:45
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 05:47:24:
电荷密度，我要再试试，我是将RHO文件相加减，cube还在算，看看两者作图结果是不是一样

能量零点不一样？他们费米能级不一样，能量零点不一样，但是我都分别将费米能级平移到零点了， 这样相比较的如果不对的 ...

这一个你不是说，只要对准了，那个就是说明对齐了吗？
按照图来。
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6楼2011-02-23 18:29:24
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 18:29:24:
这一个你不是说，只要对准了，那个就是说明对齐了吗？
按照图来。

但是，按照我那点浅薄的化学知识来说，感觉不对，
我分别把两个体系的的PDOS 减去各自的E_Ff, （也就是平移到零点）
然后把这两个图放到同一个坐标系中去比较，还是不对，感觉不对
不知道我说的请不清楚
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7楼2011-02-23 19:30:07
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 12:30:07:
但是，按照我那点浅薄的化学知识来说，感觉不对，
我分别把两个体系的的PDOS 减去各自的E_Ff, （也就是平移到零点）
然后把这两个图放到同一个坐标系中去比较，还是不对，感觉不对
不知道我说的请不清楚

你不是说再平移一下就能对上吗？
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8楼2011-02-23 19:49:07
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 19:49:07:
你不是说再平移一下就能对上吗？

对啊，还需要再平移一下，那是都是轨道没有变化的情况下，很容易知道怎么平移，但是一般吸附后轨道都会变化，根本不知道该往哪里移动，5555555
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9楼2011-02-23 20:13:57
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-02-24 09:20:12
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 13:13:57:
对啊，还需要再平移一下，那是都是轨道没有变化的情况下，很容易知道怎么平移，但是一般吸附后轨道都会变化，根本不知道该往哪里移动，5555555

呵呵呵，我看到macro给你的回复和你现在的解决办法是一样的。所以还是没有解决你的问题。其实你现在就想硬性的对不同的体系规定一个相同的能量零参考点。这个好像ATK里可以实现，不过这个是收费的。呵呵。这个问题你最好再在siesta的mail-list里面询问一下，在Siesta里面怎么规定能量零点的问题。
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10楼2011-02-23 21:16:35
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 21:16:35:
呵呵呵，我看到macro给你的回复和你现在的解决办法是一样的。所以还是没有解决你的问题。其实你现在就想硬性的对不同的体系规定一个相同的能量零参考点。这个好像ATK里可以实现，不过这个是收费的。呵呵。这个问 ...

郁闷的想死，
我觉得这个点对于不同的体系是不一样的。
对于导体，费米能级是有意义的。
对于半导体与绝缘体，没有什么特殊意义，只不过是定义在了homo与lumo的中间。
所以如果要比较在吸附前后的半导体或者绝缘体的表面变化的话，零点应该始终选择在homo与lumo之间，而不要去考虑他的费米能级。但是对于被吸附的分子如何变化，不知道以哪里为标准，做梦都做该怎么平移......
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11楼2011-02-24 10:00:01
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 03:00:01:
郁闷的想死，
我觉得这个点对于不同的体系是不一样的。
对于导体，费米能级是有意义的。
对于半导体与绝缘体，没有什么特殊意义，只不过是定义在了homo与lumo的中间。
所以如果要比较在吸附前后的半导体或者 ...

加油，这个问题弄明白了，或者有了什么新的idea，通知我一声，相互分享一下！
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12楼2011-02-24 10:06:54
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