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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】加水盒子后,在出去中间部分水时出现了问题(已解决) 已有1人参与

加水盒子的过程:
set sel [atomselect top all]
measure minmax $sel

solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa

然后source make_solv.tcl:
set sol_infile solaqp1.pdb
set aqp1_inbase aqp1
set outbase aqp1_solv_raw
package require psfgen
resetpsf
readpsf solaqp1.psf
coordpdb solaqp1.pdb
readpsf ${aqp1_inbase}.psf
coordpdb ${aqp1_inbase}.pdb
writepdb ${outbase}.pdb
writepsf ${outbase}.psf
exit

按照教程再往后:
mol load psf aqp1_solv_raw.psf pdb aqp1_solv.raw.pdb
set all [atomselect top all]
$all moveby [vecinvert [measure center $all]]
display resetview
set solv [atomselect top "segname SOLV"]
$solv set beta 1
set seltext "segname SOLV and same residue as ((z<-20) or (z>10))"
set sel [atomselect top $seltext]
出现了下面的问题:


[ Last edited by nufang19a on 2011-2-21 at 12:29 ]
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nufang19a

金虫 (正式写手)



这是什么原因呢??是因为我在make_solv.tcl脚本里删除了
segment SOLV {
auto none
first NONE
last NONE
pdb $sol_infile
}
coordpdb $sol_infile SOLV
这一段吗??
还有就是我发现别人发表的文章中只是在蛋白的“两端”,加了一些水。那么z<-20 z>10还合适吗??
2楼2011-02-21 10:59:15
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nufang19a

金虫 (正式写手)



已解决,谢谢各位的关注
3楼2011-02-21 11:49:50
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