24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 269  |  回复: 2

nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】加水盒子后,在出去中间部分水时出现了问题(已解决) 已有1人参与

加水盒子的过程:
set sel [atomselect top all]
measure minmax $sel

solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa

然后source make_solv.tcl:
set sol_infile solaqp1.pdb
set aqp1_inbase aqp1
set outbase aqp1_solv_raw
package require psfgen
resetpsf
readpsf solaqp1.psf
coordpdb solaqp1.pdb
readpsf ${aqp1_inbase}.psf
coordpdb ${aqp1_inbase}.pdb
writepdb ${outbase}.pdb
writepsf ${outbase}.psf
exit

按照教程再往后:
mol load psf aqp1_solv_raw.psf pdb aqp1_solv.raw.pdb
set all [atomselect top all]
$all moveby [vecinvert [measure center $all]]
display resetview
set solv [atomselect top "segname SOLV"]
$solv set beta 1
set seltext "segname SOLV and same residue as ((z<-20) or (z>10))"
set sel [atomselect top $seltext]
出现了下面的问题:


[ Last edited by nufang19a on 2011-2-21 at 12:29 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)



这是什么原因呢??是因为我在make_solv.tcl脚本里删除了
segment SOLV {
auto none
first NONE
last NONE
pdb $sol_infile
}
coordpdb $sol_infile SOLV
这一段吗??
还有就是我发现别人发表的文章中只是在蛋白的“两端”,加了一些水。那么z<-20 z>10还合适吗??
2楼2011-02-21 10:59:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)



已解决,谢谢各位的关注
3楼2011-02-21 11:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料考研求调剂总分280 +20 mkjlz1 2026-04-06 22/1100 2026-04-07 12:34 by 戴维ING
[考研] 273求调剂 +31 麦小叮当 2026-04-06 36/1800 2026-04-07 12:25 by 1018329917
[考研] 325 调剂 +5 QQ小虾 2026-04-07 5/250 2026-04-07 11:24 by 诗与自由
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +11 大火山小火山 2026-04-05 11/550 2026-04-06 22:55 by yunlongyang
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 一志愿211生物学280分 求调剂 +5 李rien 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:30 by zhyzzh
[考研] 材料与化工371求调剂 +14 陪琳看海 2026-04-04 15/750 2026-04-06 06:59 by houyaoxu
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +8 vants 2026-04-05 8/400 2026-04-06 06:17 by houyaoxu
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 358求调剂 +7 秋gk 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:29 by huangmoli
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601,求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 材料科学与工程339求调剂 +12 hyz0119 2026-03-31 13/650 2026-04-03 18:33 by ls刘帅
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 建环,能源,土木老师路过看一看!!! +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 273求调剂 +20 李芷新1 2026-03-31 20/1000 2026-04-03 09:58 by linyelide
[考研] 一志愿复旦材料,英一专硕,总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[考研] 一志愿北京科技,085601总分305求调剂 +9 半生瓜! 2026-04-01 11/550 2026-04-02 08:28 by Wang200018
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
信息提示
请填处理意见